现有直属附属医院1所，是国家三级甲等民族医综合医院，是全国唯一一家国家级重点蒙西医结合医院，也是国家执业医师考试考点、国家首批蒙医住院医师规范化培训基地和临床住院医师规范化培训基地，有医护人员1094人，开放床位1300张。有非直属附属医院4所，第二附属医院（内蒙古林业总医院）、第三附属医院（赤峰市第二医院）、呼伦贝尔临床医学院（呼伦贝尔市人民医院）。附属蒙医医院（通辽蒙医中心医院 ）在建。

近年来，学校获得多项荣誉。2009年学校被评为全国“民族团结进步模范集体”，2012年被评为“全区对外文化交流工作先进单位”和“自治区一级信誉等级涉外院校”，附属医院和蒙医药学院分别被评为“全国民族团结进步模范集体”、“全国教育系统先进集体”。

面向未来，学校秉承“博学明理、崇德至善”的校训，坚持“务实办学、创新办学、开放办学、特色办学”的理念，不断深化综合改革，促进科学发展、内涵发展和转型发展，努力把学校建设成为具有鲜明地方特点、民族特色和学科优势的高水平综合性民族大学。