南外仙林分校有以下优势：一、办学资金到位率较高。高额的启动资金和逐年攀升的教育创收为学校的稳步发展奠定了雄厚的物质基础。二、办学方向有保证。学校的高层管理者大部分来自南外，促使学校办学理念、培养目标和南外保持一致，继承并发展了南外的办学模式和办学经验。校长是南京市基础教育专家，实现了真正意义上的教育家办学。三、办学自主权充分。办学过程中得到市、区教育局的支持、爱护、信任和关心。两级教育局十分开明，他们严格在《民办校教育促进法》的框架内管理学校，不对学校进行任何行政干预。股东单位及董事会“抓大事、抓方向”，不干预学校行政的具体办学行为。“两不干预”使本校避免了公办学校和一般私立学校办学可能受到干扰的弊端，可以聚精会神进行教育综合改革。

南外仙林分校办学体制为九年一贯，十二年衔接，这样的学制优势在于可以从小学开始实施自己的教育举措一直延续到初中和高中，并且无论在教学还是管理上，都存在这样的一种继承性。根据学校的设计，小学人数相对较多，初中次之，高中更少——小学72个班级，初中42个班级，普通高中18个班级，国际高中30个班级。这种塔形办学形式使学校在小学升初中、初中升高中时，生源以自我消化为主。初中考入高中的学生40%进入普高，20%进入国际高中，这样的比例在南京市鲜见。这样的办学设计，为贯彻学校自己的教育原则以及改革举措，提供了很好的基础和框架。

    南外仙林分校在教育改革中诞生，建校起就在办学体制机制、课程安排、课堂教学及德育等方面开展探索和改革，近几年更是有计划地开展了班级管理体制的改革。钱铁锋校长根据多年的教育实践经验和理性思维提出“教育力与教育关系”的学说是这项改革的理论基础。全校教师在正确理论的引领下，认真开展以“四项基本教育原则”（“面向全体学生”“发挥学生的主体作用”“有效率的教育”和“开放式教育”）为指导、“三项中心工作”（德育领域的“理想教育”；教学领域的“课堂教学改革”；管理领域的“班级管理体制改革”）为主轴的全方位、大规模改革，目前已卓有成效，还在许多方面形成理论建树，并与南师大出版社合作正式出版《南外仙林分校教育探索》系列丛书，整理出一系列可行的制度和有益的经验。

建校以来，南外仙林分校始终怀着“办对人民负责的学校”的教育情怀，以“顺其自然”为校训，以“民主、进取、开放、创新”为校风、“自觉、自主、自信”为学风，全面推行素质教育、实行教育改革，坚持“四项基本教育原则”，在办学体制、课程标准、课程计划、德育工作（理想教育特色）、课堂教学、学科特色（外语、心理、科技）、班级及中层管理体制、学生多元化评价方式、教师评价和分配制度、多样化国际化办学诸环节进行了大规模，全方位深入而持久的改革，大大提升了学校的教育力（1.资金投入与硬件设施 2.教师水平与学生素质 3.课程计划与课程标准4.教育方式与教育科研 5.办学思想与学校文化）水平和教育质量，促进了教育关系（1.学校体制和办学环境 2.机构设置和管理方式 3.评价制度和分配制度）的良性发展，逐步形成了整体融合的机制，走出了一条“有个性、有特色、轻负担、高质量”的创新办学之路。