到成帝时，丞相故安昌侯张禹凭借皇帝老师的身份位至特进，(皇上)极为尊敬推崇（他）。朱云上书求见（成帝），当时公卿大臣都在皇帝面前。朱云说：“如今的朝廷大臣，对上不能匡扶皇上，对下不能有益于百姓，都是空占着职位而不做事白吃饭的人。我请求陛下赐一口尚方斩马剑，斩一个佞臣，以此来劝勉其他人。”成帝问：“你要斩的是谁呀？”朱云回答道：“安昌侯张禹。”成帝大怒，说：“你一个小官居于下位而毁谤上级，在朝廷上侮辱我的老师，罪当死不能赦免！”御史拉朱云下朝堂，朱云攀住殿上的栏杆，栏杆被他拉断。朱云大呼道：“微臣我能够和龙逢(夏桀时忠臣，因谏被杀)、比干(商纣时忠臣，因谏被杀)在九泉之下交往，也就满足了！只是不知圣朝将要怎样啊！”御史便把朱云拉了下去。在这时，左将军辛庆忌摘掉官帽，解下官印和绶带，在大殿之上叩头，说：“朱云一向以狂傲直率之名在当世著称。假如他说得有理（对），就不可诛杀；他说的不对，也本来应该容纳他。我斗胆用死相争！”辛庆忌叩头流血。成帝的怒气才消解，然后才饶了朱云。等到后来要修治栏杆，成帝说：“不要换了！就把旧栏杆整修一下，用它来表彰正直的臣子。”

朱云从此后就不再做官，常居住在户县的颖村中，教授学生。有时带领着学生们乘牛车出来，探访的人都对他很敬重。薛宣做丞相，朱云前往拜见。薛宣用宾主之礼相待，并趁机挽留朱云住宿，很随便地对朱云说：“(您)在田野间也没有事，暂且留（在）我的东阁中，可以观看天下的奇士。”朱云说：“我难道是想做丞相的小吏么？”薛宣就不敢再说这事。

朱云七十多岁的时候，在家中去世。他病重时不请医不喝药。临终嘱咐用身上的便服入殓，棺木只须容身，墓穴只须容棺即可。(家人)只造个一丈五尺的小坟，(把他)埋葬（在）平陵东郭之外。