已接受招安的不杀他,再敢反叛的有杀无赦,刚刚起事的立刻剿除,大体如此而已。但是江西的祸患还不在于盗贼。宁王府的势力一天天扩大,无赖之徒聚集那里,用非法的事情诱导宁王,上下各级官府对宁王的奉迎太过分了。致使他频频假借火灾之名鲸吞百姓宅舍地,王府采办骚扰到旁边的郡县,爪牙所及侵害到贫穷的乡村。我真怕好百姓为此不能平安度日,都起来做强盗。一般大臣们害怕祸及自己,多怀着观望的态度,礼乐刑政渐渐不是出自朝廷了。我请求从都御史俞谏、任汉二人中专门委派一人,或者另外选择公正、忠诚的大臣镇压、招安盗贼。皇上命令宁王只治理自己的封国,不要干扰地方官府,以期铲除作乱的根源,灭绝无法设想的祸变。”他的奏章下发到兵部后,尚书陆完建议:“派俞谏前去根据盗贼的实际情况商定招安或剿灭事宜,至于世宁说到的宁王违法乱民的事,恐怕出于坏人托名伪装,应当传令宁王管制他们。”圣旨同意了陆完的建议。宸濠知道这件事后大为恼火,就罗列了世宁的罪过,贿赂当权的宠臣们,非杀掉世宁不可。他的奏章下发都察院后,右都御史李士实,是朱宸濠党羽,与左都御史石玠等上书说,胡世宁狂妄草率应当惩治。诏命还没有下达,朱宸濠的奏章又到了,指责胡世宁妄言。于是命锦衣官校逮捕胡世宁。
胡世宁于是逃亡到了京城,自己投案住进了锦衣卫的监狱。在狱中三次上书说朱宸濠谋反的情状,皇帝最终没有省悟。关押一年多,谏官程启充、徐文华、萧鸣凤、邢寰等交相上奏章援救,于是将胡世宁发配到沈阳戍守。
过了四年,朱宸濠果然造反。胡世宁从戍守处起用为湖广按察使。不久提升为右佥都御史,巡察安抚四川。上任才两个月,朝廷召他回京任吏部右侍郎。胡世宁品格严肃庄重,做官廉洁,疾恶如仇,而举荐贤才唯恐没做到。众大臣都忌恨他,皇帝始终以礼相待不替换他