中山大学从2002年开始招收该专业本科生，目前的培养方向主要有两个：生物医学仪器和医学信息学。南京航空航天大学的生物医学工程专业，开设方向主要有三个：现代生物医学仪器、生物医学光子学、生物医学信息学。(两校该专业不在北京招生)

　　北京工业大学的生物医学工程，历年来都有两个专业方向面向本科招生：医学工程和生物技术。医学工程方向着重于应用生物学和工程学的方法来解决医学领域中的工程问题，如医疗仪器的研制、开发、维修等。而生物技术则更加侧重于生物化学、分子生物学、细胞生物学等生物技术，在免疫分析、分子诊断、食品检验等现代分析测试领域中的运用。

　　目前国内很多学校都开设了生物医学工程专业，一部分是医科院校，一部分是各大综合类院校。朱先生认为，单从这个专业来看，医科类院校在培养此类专业人才方面有比较大的优势。因为大部分医科院校生物医学工程专业均有一年半左右的临床医院实习过程，这样会将基础知识与临床紧密结合，接触大量的医学影像设备，信息网络系统以及各种诊断治疗设备，为以后学习、深造和就业打下良好的基础。