随着其他所有制企业快速发展、市场竞争日趋激烈，国有企业逐渐面临严峻挑战。到1997年，国有独立核算工业企业中亏损企业的亏损额比1987年上升十多倍，相当一部分企业不能正常发放工资和退休金。

1998年-2002年

三个突破

1998年至2002年，国企改革在三方面实现了突破：通过国有中小企业改革，上百万家国有、集体中小企业改制退出公有制序列；通过国有大中型困难企业的政策性关闭破产，5000多户扭亏无望的困难企业退出市场；通过再就业中心和基本保障线政策，托管、安置了近3000万下岗职工，建立了国企职工可以流动的机制。

在前期改革过程中，国有大企业的体制基本没有触动，在迅速发展的市场环境中其问题日益暴露。

2002年-2016年

结构调整

2002年11月召开的党的十六大决定启动国有资产管理体制改革。随后成立的国资委，制定和建立了包括企业清产核资制度、企业经营业绩考核制度、国有资本经营预算制度等在内的企业国有资产管理法规和制度体系，还推进了一系列有针对性的改革和结构调整措施，如企业内部及企业之间的重组、企业改制上市、建立规范的董事会试点、减轻国有企业的社会负担等等