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学校现有一级学科博士点4个，二级学科博士点31个，博士后科研流动站5个，一级学科硕士点17个，二级学科硕士点114个，硕士专业学位授权点10个，本科专业70个。学科专业覆盖了文、理、工、法等10大学科门类，初步形成了学科门类较为齐全、师范专业与非师范专业协调发展、结构合理、特色鲜明、优势明显的学科专业布局和层次完备的人才培养体系。设有1个独立学院(杏坛学院)，27个院(系)，28个研究所，14个省级重点学科，其中包括6个省级重点强化建设项目。3个省级重点实验室，1个省级强化人文社会科学研究基地。设有国家体育总局体育社会科学重点研究基地、教育部曲阜师范大学基础教育课程研究中心、山东省激光偏光工程技术研究中心、山东省儒学研究基地、山东省体育人文社会科学研究基地和山东省马克思主义中国化研究基地、山东省中西语言文化交流研究基地。

学校在孔子儒学研究领域形成了自己的特色和优势。孔子研究所是国内最早设立的孔子研究专门机构，承担儒学研究领域国家社科规划项目、山东拾十五”、“十一五”重点课题多项，办有《儒学研究动态》，每年出版《孔子儒学研究文丛》，多次举办国内外儒学学术会议，广泛进行学术交流，和数十个国家和地区的专家学者建立了学术联系。学校设有以孔子儒学为研究方向的专门史(思想史)硕士点、博士点、博士后科研流动站，培养了一大批高层次的传统文化教学、研究和传播人才。2000年5月15日，依托我校的孔子文化学院和山东省儒学研究基地，我校与中国孔子基金会及海外投资者联合创办了中外合作孔子文化大学。2008年，经国家汉办批准，我校与加拿大新布伦瑞克省合作成立新布伦瑞克省孔子学院。

科学研究

学校把科学研究、创新知识放到突出的战略位置来抓，先后承担了包括国家“973”、“863”计划项目在内的一大批高层次科研