学校建有庐山文化研究中心、鄱阳湖生态经济研究中心、长江中游城市群与昌九一体发展研究中心、沿江产业开发研究中心、社会系统学研究中心、国际农村医学教育研究中心、柬埔寨研究中心、江西省数控技术与应用重点实验室、江西省系统生物医学重点实验室、江西省材料表面再制造工程技术研究中心、江西省生态化工工程技术研究中心等32个科研机构。学校大力推进“山江湖”学科建设工程，紧密围绕以庐山为地标的中华优秀传统文化、九江沿江产业开发与长江中游经济带建设、鄱阳湖生态经济区及生态文明示范区建设，形成了明显的优势和特色，产出了一批优秀研究成果。近年来，学校不断加强内涵建设，开展卓越工程师培养、卓越医生培养、科技协同创新，服务地方经济社会发展。2016年，学校获得国家自然科学基金和社会科学基金项目28项，各类科研项目经费达7000多万元。

学校现有各类实验教学中心/综合实验室28个。其中，5个省级实验教学示范中心、41个中央与地方共建基础实验室。现有教学科研仪器设备总值2.34亿元。建有庐山实习培训中心等校内外实习基地220余个。

学校的计算机网络覆盖全校，实现了教学科研、图书文献检索和办公管理的网络化和校园一卡通；图书馆设1个主馆和4个分馆，共藏纸质图书308万余册、电子图书200余万种。学校不断加强基础设施建设。教学楼、实验楼、图书馆、信息技术楼、田径运动场和室内体育馆、学生活动中心等分布于各个校区。

学校积极响应中央关于“大众创业，万众创新”的号召，建立了九江学院大学科技园。入园企业达90余家，并成功获批为省级大学科技园，受到省委书记鹿心社的赞扬与鼓励。

学校十分重视引进国外优质教育资源，借鉴国外先进的办学理念和办学模式。当前与爱尔兰、法国、芬兰、韩国、柬埔寨、美国、尼泊尔、日本、泰国、英国、印度等10多个国家的高校及科研机构建立了稳定的合作与交流关系。现有来自31个国家300余名留学生在校学习。学校积极聘请外籍教师和邀请海外专家学者来校讲学和合作研究。作为国务院侨办华文教育基地，积极参与海外华文教师培训工作。学校积极创办海外“孔子学院”，2009年12月，学校同柬埔寨王家学院等合作建立了柬埔寨第一所孔子学院，柬埔寨孔子学院连年获国家汉办表彰。10月，学校与美国萨凡纳州立大学合作建立了萨凡纳州立大学孔子学院。学校每年选派教师赴国外进修和讲学，选拔学生赴国外学习。2016年学校先后举办了“纪念周敦颐诞辰999周年学术研讨会”、“2016年陈寅恪研究学术研讨会”和“第二届世界名山学术研讨会暨高校公共外交论坛”，得到了国内外广泛关注与好评。