学校紧紧围绕人才培养中心工作，扎实推进教育教学改革和人才培养模式创新，不断提高人才培养质量。学校获批为教育部-中兴通讯ICT产教融合创新基地第二批合作院校。现有国家特色专业4个，省级特色专业7个，省级精品课程12门，省级双语教学示范课程3门，省级实验教学示范中心4个，省级人才培养模式创新实验区3个，省级教学团队6个。现有国家级专业综合改革试点项目1个、国家级卓越人才教育培养计划项目1个、国家级教学改革试点项目2个、国家级大学生实践教学基地1个、国家级大学生创新创业项目80个，省级专业综合改革试点项目6个、省级卓越人才教育培养计划项目5个、省级精品资源共享课22门、省级大学生创新创业园1个、省级大学生创新创业项目80个。学校建有各类教学实习基地300个。

学校坚持以学科建设为龙头。现有江西省“十二五”高水平学科1个(生物学)，省重点一级学科1个(马克思主义理论)，省重点二级学科3个(原子与分子物理、物理化学、计算机应用技术)。现有教育部高校人文社科重点研究基地1个（中国共产党革命精神与文化资源研究中心），国家测绘地理信息局重点实验室（共建）1个（流域生态与地理环境监测实验室），江西省“2011协同创新中心”1个（红色文化研究与传承应用协同创新中心），博士后科研工作站2个（江西省生物多样性与生态工程重点实验室、江西省红色文化研究与传承应用协同创新中心），教育部网上合作研究中心分中心1个（循证医学教育部网上合作研究中心井冈山大学分中心），省软科学研究基地1个（江西省创新驱动发展战略软科学研究基地），省高校人文社科重点研究基地2个（井冈山研究中心[一类]、庐陵文化研究中心），省工程研究中心工程实验室2个（江西省人类疾病斑马鱼模型与药物筛选工程实验室、江西省农作物生长物联网技术工程研究中心），省文化艺术科学重点研究基地1个（井冈山红色经典艺术研究与传承发展中心），省研究生教育创新基地1个（社会工作硕士），省重点实验室3个（配位化学实验室、生物多样性与生态工程实验室、器官发育生物学重点实验室），省教育厅重点实验室1个（生态环境与资源实验室），省优势科技创新团队1个（叶子飘博士领衔的原子与分子物理团队）。学校入选为中国伦理学会首批团体会员单位、首批“青年马克思主义者培养工程”全国培养研究基地、首批全国社会组织教育培训基地、江西省非物质文化遗产研究基地，入选为江西省高校生态学学科联盟成员单位、江西省高校生物学学科联盟成员单位。