南京审计学院是我国唯一以“审计”命名、以审计为品牌、经管法文理工等学科相互支撑、协调发展的财经类高等院校。学校前身为始建于1983年的南京财贸学院；1987年更为现名；1991年由审计署直属；2000年调整为江苏省与审计署合作共建、以江苏省管理为主；2002年原南京金融高等专科学校并入，组建新的南京审计学院；2009年被国务院学位委员会列为硕士学位授权立项建设单位。

学校与中国审计事业同步发展，“为审而立、依审而兴、靠审而强”。办学管理体制调整后，审计署依然一如既往地全方位支持南京审计学院事业发展。全国政协副主席、前审计长李金华担任我校名誉院长，历任审计长、副审计长以及一批业务骨干担任学校荣誉教授，经常亲临讲坛；美国、法国等十多个国家审计长担任我校荣誉教授，每年来校讲学。学校依托行业优势和区位优势，努力将丰富的行业资源和优质的区域资源转化为学校的办学资源，进而转化为学校独特的办学优势，取得了跨越式发展。