学校现设有经济学院、财政与税务学院、金融学院、国际经贸学院、会计学院、工商管理学院、营销与物流管理学院、公共管理学院、管理科学与工程学院、法学院、食品科学与工程学院、信息工程学院、应用数学学院、外国语学院、新闻学院、艺术设计学院、马克思主义学院、体育部等18个教学学院（部），1个民办本科学院红山学院。共设有应用经济学、统计学、理论经济学、法学、马克思主义理论、外国语言文学、数学、计算机科学与技术、食品科学与工程、管理科学与工程、工商管理、统计学等硕士学位授权一级学科11个，硕士学位授权二级学科58个，工商管理（MBA）、金融、应用统计、保险、资产评估、会计等硕士专业学位授权点6个，本科专业38个，基本形成了经济学类、管理学类学科齐全，法学、工学、文学、理学类专业相互依托，支撑配套的学科专业布局，在林立的江苏高校中拥有明显的结构优势。

学校现有普通本科在校学生15000余人，硕士研究生1200余人，红山学院在校学生8000余人，继续教育在籍学生6000余人。

学校初步形成了一支学科、职称、学历、年龄结构合理，跨文化交流能力明显增强,教学、科研、社会服务能力较为雄厚的师资队伍。现有在职教职工1680人，专任教师1042人，其中教授152人，副教授415人；教师中具有研究生学位的636人，其中博士247人。教师中有23人获国家级有突出贡献中青年专家称号或享受国务院政府特殊津贴，50余人获省部级专家、省级跨世纪学术带头人、优秀学科带头人、优秀青年骨干教师称号。

学校现有2个国家级人才培养模式创新实验区（经济学类应用型人才培养模式创新实验区、创新创业型人才培养模式创新实验区）；1个国家级优秀教学团队（贸易经济专业教学团队）；1个国家级实验教育示范中心（经济管理实验教学中心）；4个国家级特色专业建设点（会计学、统计学、经济学、食品科学与工程），5个江苏省重点学科（应用经济学、产业经济学、金融学、企业管理、统计学）；2个江苏省重点实验室（电子商务实验室和粮油品质控制及深加工技术实验室）；2个江苏省高校优秀学科梯队（产业经济学、统计学）；5个江苏省高等学校品牌专业（统计学、会计学、贸易经济、法学、经济学）；7个江苏省高等学校特色专业（经济学、国际经济与贸易、金融学、市场营销、食品科学与工程、电子商务、财政学）；1个江苏省人才培养模式创新实践基地（工商管理类应用型人才培养模式创新实践基地）；1个省级重点研究基地（江苏产业发展研究院）；2个江苏高校哲学社会科学重点研究基地（粮食安全与战略研究中心、公共财政研究中心）。
近年来，学校教师主持、承担国家级、省部级科研项目300多项（国家级科研项目52项），获得国家级、省部级优秀教学、科研成果奖励100多项，并多次成功举办高水平国际性学术研讨会和全国性学术研讨会。学校设有江苏产业发展研究院、粮食经济研究院、南京都市圈发展研究中心等20多个学术研究机构和科研院所，校园学术氛围日趋浓厚。学校出版的《产业经济研究》为全国第一本产业经济领域的专业学术期刊，入选CSSCI来源期刊；《南京财经大学学报》为中国人文社会科学核心期刊、全国优秀社科学报、江苏省一级期刊。