学校设有两个校区（五台校区和江宁校区）。五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是科研和研究生教育中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1470亩，是本科生教育教学中心。学校图书馆藏书总量达120余万册，有中外文期刊5700余种，是江苏省医学图书中心馆和高校文献保障系统医学文献中心。学校主办有《南京医科大学学报》、《临床皮肤病学》、《临床神经病学杂志》、《江苏医药》等10多种学术期刊。

近年来，南京医科大学开展了广泛的对外交流活动，积极与国内外的高等院校建立形式多样的联系与合作。学校与美国、澳大利亚、日本、法国等国家的医学院校或科研机构建立了双边合作、学术交流关系，并聘请了一批知名专家、学者担任学校名誉教授、客座教授。同时，学校还定期派遣教师出国交流访问、留学进修。学校于2002年恢复招收留学生和港澳台学生，现有在校留学生和港澳台学生500多人。

七十五年来，南京医科大学秉承“博学至精，明德至善”的校训精神，始终坚持“医学与人文融通、教学与科研并重、基础与应用结合”的办学理念，为国家培养了一批又一批医学人才，他们分布在全国各地的医院、疾病控制中心、医学研究机构和卫生行政部门，许多毕业生已成为国内外著名医学专家和学者，为我国医学教育和卫生事业的发展做出了重要贡献！

面对新的发展机遇，全校师生员工正戮力同心，锐意进取，积极推进实施“十一五”发展规划，努力把学校建成一所高水平研究教学型医科大学！