学校现有3个国家重点学科、14个国家中医药管理局“十一五”重点学科、19个国家中医药管理局“十二五”重点学科、4个江苏省高校优势学科建设工程、8个江苏省重点学科(其中2个列入国家重点(培育)学科)。拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，25个博士点和44个硕士点，博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。学校现有5个国家级特色专业、6门国家级精品课程、2个国家级教学团队、1个国家级人才培养模式创新实验区、2个国家级实验教学示范中心、25部国家级规划教材(主编)。现已建成22所附属医院、5所中西医结合临床医学院，各类教学及毕业实习基地逾百所。

学校科研实力雄厚，是国家科技部新药临床试验研究(GCP)中心、国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省中药质量控制工程技术研究中心的依托建设单位。学校现有1个国家教育部工程研究中心、3个点省部级工程研究中心、2个省重点研究机构、1个江苏高校协同创新中心、1个省部共建针药结合重点实验室、3个国家中医药管理局重点研究室、6个江苏省重点实验室、8个国家中医药管理局三级实验室、1个国家中医药管理局二级实验室、2个南京市工程技术研究中心、2个校级重点实验室。学校构建形成了“一个中心、四大板块”的科技平台布局，即江苏省中医药研究与新药创制中心和南京中医药大学科技园、南京高新技术开发区中药产业园区、中国医药城中医药研究院、江苏生命科技园，加快推进“产、学、研”结合，积极为地方经济社会发展服务。