在研究生教育方面，东南大学以“培养高素质拔尖创新人才”为己任，积极推进研究生教育教学改革，不断转变教学模式，优化课程体系。近年来，学校打造了一批荣获“小平科技创新团队”等表彰的学生创新创业俱乐部，培育的优秀学子获得各种奖项。其中许德旺同学获得“中国大学生自强之星”标兵、孙俊同学获得中国青少年科技创新奖等重要荣誉。学校共获得全国百篇优秀博士学位论文20篇，全国百篇优秀博士学位论文提名奖31篇。2007年起，学校连续开展了“国家建设高水平大学公派出国留学项目”的选拔和推荐工作，共派出研究生1335名，其中攻读博士学位411人。同时积极开展广泛的国内外学术交流，大力推进联合办学，与澳大利亚蒙纳士大学合作的东南大学—蒙纳士大学苏州联合研究生院是教育部批准的第一个中外联合研究生院，已正式招生771人，已毕业276人；与法国雷恩一大的合作，开辟了研究生培养和科研合作的新渠道。

东南大学以“科教兴国”为己任，从国民经济和社会发展的需要出发，积极开展基础研究、应用基础研究和重大战略高技术研究，已成为在国内外具有较大社会影响的高新技术研究和辐射的重要基地。2011～2016年共牵头获得国家级科技奖项17项，其中2011年获得国家技术发明一等奖1项、获得国家科技进步一等奖1项。2016年，科研经费到款20.038亿元。发明专利申请2497件，发明专利授权1231件，申请PCT专利50件。SCI论文收录2456篇，位列全国高校第19位；EI收录论文2554篇，排名第14位。近五年共牵头获得教育部高校人文社会科学优秀成果奖16项，其中一等奖1项；牵头获得江苏省人民政府哲学社会科学优秀成果奖64项，其中一等奖11项；牵头获得国家社会科学基金113项，其中重大项目4项。

学校服务地方经济建设成效显著。江苏省内高校科技工作为江苏服务情况统计结果显示，东南大学在科技项目及团队、科技经费、科技基地、四技经费、科技成果转化及科技项目验收鉴定、专利情况、科技成果获奖等七项指标中每年均位列前茅，而且多数指标居全省高校第一。东南大学国家大学科技园作为科技成果转移转化、创新创业人才培养、高新技术企业培育和发展战略性新兴产业的平台，目前，创新创业载体达20余万平方米，在园企业300余家，毕业企业1000余家，已成功培育了以江苏金智科技股份有限公司、途牛旅游网等为代表的一批高新技术企业。