学校坚持教学工作中心地位不动摇，以质量求生存，以特色求发展，着力构筑并不断优化人才培养体系。现有国家级教学团队2个，教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队4个，国家级实验教学示范中心1个,国家级精品教材1门，国家级特色专业建设点12个，教育部专业综合改革试点2个，教育部卓越工程师教育培养计划试点专业7个，国家级精品课程3门，国家级双语教学示范课程2门，国家级精品资源共享课2门，江苏省品牌专业8个，江苏省特色专业10个，江苏省重点专业类12个（涵盖30个专业），江苏省卓越工程师教育培养计划（软件类）试点专业2个，省实验教学示范中心15个，全国百篇优秀博士学位论文1篇，提名5篇。2006年，学校顺利通过了教育部组织的本科教学工作水平评估，获得优秀等级。

学校具有雄厚的科研实力，设有材料化学工程国家重点实验室、国家生化工程技术研究中心、国家特种分离膜工程技术研究中心和国家热管技术研究推广中心等国家级科研机构4个，省部级研究中心21个，省部级重点实验室16个。何梁何利基金科学与技术进步奖4项、创新奖1项。“十一五”以来，学校科研成果获省部级以上奖励170余项，其中国家自然科学奖二等奖1项、国家技术发明奖二等奖6项、国家科技进步奖二等奖5项。

学校重视科学研究和成果转化，坚持产学研互动发展。南京工业大学科技园为国家级大学科技园，南京工业大学技术转移中心为国家技术转移示范机构，拥有国家知识产权培训（江苏）基地。“十一五”以来，承担了包括国家“973”计划项目、“863”计划项目、国家科技支撑计划项目、国家自然科学基金项目在内的各级各类课题近8000项，科技经费近30亿元，取得了一批高水平研究成果，为相关行业、江苏地方经济建设和社会发展作出了积极贡献。

学校加大对外开放办学力度，先后与30多个国家和地区的60余所高校和研究机构建立了科学研究、人才培养的合作关系，承担了数十项国际合作科研项目。