学校拥有“现代审计发展研究中心”、“金融风险管理研究中心”等江苏省高校哲学社会科学研究基地2个，“审计信息工程与技术”江苏省高校协同创新中心（培育点）1个，“公共工程审计”、“审计信息工程”、“金融工程”等省级重点实验室3个。近五年来，学校主持包括国家社科基金重大招标项目在内的国家社科基金、国家自然科学基金项目82项，省部级科研项目156项，参与了审计署重要政策和法律法规建设工作以及重大理论课题的攻关。在《JournalofBusinessEthics》、《EnergyEconomics》、《经济研究》等权威期刊发表论文207篇，在CSSCI/CSCD以上刊物发表论文1585篇，出版学术专著122部，获得包括教育部高等学校科学研究优秀成果奖（人文社科）一等奖和江苏省哲学社会科学优秀成果一等奖在内的省部级以上科研成果奖42项。

学校主办的《审计与经济研究》为全国中文核心期刊、CSSCI来源期刊、RCCSE中国核心学术期刊、全国高校“精品社科期刊”、人大复印报刊资料重要转载来源期刊。《南京审计大学学报》为全国高校“优秀社科期刊”、RCCSE中国核心学术期刊（扩展版）。

学校积极推进教育国际化。与最高审计机关国际组织（INTOSAI）、最高审计机关亚洲组织（ASOSAI）、国际内部审计师协会（IIA）等国际行业组织，美国、法国等十几个国家和地区的最高审计机关、高等学校建立了广泛的合作关系。学校被IIA认证为中国唯一的“内部审计教育伙伴”（IAEP）合作级高校，与全球伙伴高校开展学生互换、教师互聘、学分互认、科研合作；被英国特许公认会计师公会（ACCA）评为“全球培养ACCA人才最多大学”、“白金级培训机构”。五年来，教师赴境外高校及最高审计机关进行学术交流、访学培训逾650人次，参加联合国审计62人次；学生赴境外高校学习交流、参加国际会议、学科性竞赛、海外志愿者活动1800人次；诺贝尔经济学奖获得者莱茵哈德•泽尔腾教授和麦伦•舒尔茨教授，世界审计组织秘书长、奥地利审计院院长约瑟夫•莫萨博士，多达罗先生，法国审计法院院长迪迪埃·米戈先生，阿富汗审计长默罕默德·谢里夫·谢里菲博士，坦桑尼亚审计长穆萨·贾玛·阿萨德教授，国际内部审计师协会秘书长兼总裁理查德•钱伯斯等870余名国外专家学者来校访问交流。