学校拥有长江学者奖励计划3人、享受政府特殊津贴专家13人、省部级有突出贡献中青年专家5人、教育部“新世纪优秀人才支持计划”2人、全国审计专业学位硕士研究生教学指导委员会委员1人、教育部教学指导委员会委员5人、财政部全国领军（后备）人才（学术类）培训班1人、司法部“全国优秀教师”1人、江苏省“双创计划”人才1人、江苏特聘教授3人、江苏省教学名师3人；江苏省“333人才工程”培养对象38人（其中第二层次2人），江苏省“六大人才高峰”培养对象12人；江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人31人、“青蓝工程”优秀青年骨干教师64人；江苏省优秀教育工作者4人；审计署先进集体2个，先进个人2人；获得全国五一劳动奖章1人；江苏青年社科英才1人；省级劳动模范1人。“现代审计理论与方法研究”、“区域金融创新研究”、“价值链分工的经济效应研究”、“马克思主义与当代中国学术发展研究”等江苏省“青蓝工程”科技创新团队4个。

学校拥有“现代审计发展研究中心”、“金融风险管理研究中心”等江苏省高校哲学社会科学研究基地2个，“审计信息工程与技术”江苏省高校协同创新中心（培育点）1个，“公共工程审计”、“审计信息工程”、“金融工程”等省级重点实验室3个。近五年来，学校主持包括国家社科基金重大招标项目在内的国家社科基金、国家自然科学基金项目82项，省部级科研项目156项，参与了审计署重要政策和法律法规建设工作以及重大理论课题的攻关。在《JournalofBusinessEthics》、《EnergyEconomics》、《经济研究》等权威期刊发表论文207篇，在CSSCI/CSCD以上刊物发表论文1585篇，出版学术专著122部，获得包括教育部高等学校科学研究优秀成果奖（人文社科）一等奖和江苏省哲学社会科学优秀成果一等奖在内的省部级以上科研成果奖42项。

学校主办的《审计与经济研究》为全国中文核心期刊、CSSCI来源期刊、RCCSE中国核心学术期刊、全国高校“精品社科期刊”、人大复印报刊资料重要转载来源期刊。《南京审计大学学报》为全国高校“优秀社科期刊”、RCCSE中国核心学术期刊（扩展版）。