学校科研实力雄厚，是国家科技部新药临床试验研究（GCP）中心、国家发改委中药资源产业化与方剂创新药物国家地方联合工程研究中心、国家教育部中药炮制规范化及标准化工程研究中心、国家级中药炮制技术传承基地、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省中医药研究与新药创制中心、江苏省中药资源产业化过程协同创新中心的依托建设单位。学校现有江苏高校协同创新中心2个，国家地方联合工程研究中心1个，省部共建教育部重点实验室1个，教育部工程研究中心1个，国家中医药管理局重点研究室3个，国家中医药管理局三级实验室8个，江苏省重点实验室2个，江苏省高校重点实验室4个，省级工程研究中心（工程实验室）6个，江苏高校哲学社会科学重点研究基地1个。学校构建形成了“一个中心、四大板块”的科技平台布局，即江苏省中医药研究与新药创制中心和南京中医药大学科技园、南京高新技术开发区中药产业园区、中国医药城中医药研究院、江苏生命科技园，加快推进“产、学、研”结合，积极为地方经济社会发展服务。

学校有国医大师5人，“长江学者”特聘教授1名，国家杰出青年科学基金获得者5人，国务院学科评议组成员3人，国家“973计划”项目首席科学家1人，百千万工程国家级人选5人，国务院政府特殊津贴获得者51人，国家有突出贡献中青年专家1人，国家教学名师2人，全国模范教师1人，全国优秀教师6人。

学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、中国中医药文献信息检索中心南京分中心，同时也是首批获国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的高等中医药院校。2010年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了全球首家中医孔子学院，时任国家副主席习近平出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力。