2013年获得全国百篇优秀博士学位论文4篇，获全国百篇优秀博士学位论文提名奖3篇。目前，学校共获得全国百篇优秀博士学位论文20篇，全国百篇优秀博士学位论文提名奖31篇。2007年起，学校连续开展了“国家建设高水平大学公派出国留学项目”的选拔和推荐工作，共派出研究生1141名，其中攻读博士学位369人。同时积极开展广泛的国内外学术交流，大力推进联合办学，与澳大利亚蒙纳士大学合作的东南大学—蒙纳士大学苏州联合研究生院是教育部批准的第一个中外联合研究生院，已正式招生573人，已毕业148人；与法国雷恩一大的合作，开辟了研究生培养和科研合作的新渠道。

东南大学以“科教兴国”为己任，从国民经济和社会发展的需要出发，积极开展基础研究、应用基础研究和重大战略高技术研究，已成为在国内外具有较大社会影响的高新技术研究和辐射的重要基地。2015年，科研经费到款18.01亿元。发明专利申请2120件，发明专利授权1453件，申请PCT专利14件。SCI论文收录2160篇，位列全国高校第19位；EI收录论文2170篇，排名第13位。我校吕志涛院士牵头获得度国家科技进步一等奖。，以第一完成单位获得国家科技进步一等奖1项，国家自然科学二等奖1项，国家技术发明二等奖1项，国家科技进步二等奖2项。十二五期间，共牵头获得教育部高校人文社会科学优秀成果奖16项，其中一等奖1项；共牵头获得江苏省人民政府哲学社会科学优秀成果奖41项，其中一等奖7项；共牵头获得国家社会科学基金96项，其中重大项目3项。

学校服务地方经济建设成效显著。江苏省内高校科技工作为江苏服务情况统计结果显示，东南大学在科技项目及团队、科技经费、科技基地、四技经费、科技成果转化及科技项目验收鉴定、专利情况、科技成果获奖等七项指标中每年均位列前茅，而且多数指标居全省高校第一。东南大学国家大学科技园作为科技成果转移转化、创新创业人才培养、高新技术企业培育和发展战略性新兴产业的平台，目前，创新创业载体达20余万平方米，在园企业300余家，毕业企业1000余家，已成功培育了以江苏金智科技股份有限公司、途牛旅游网等为代表的一批高新技术企业。东南大学是我国具有较大国际影响的大学之一。改革开放以来，国际交流活动更加活跃，已与英国剑桥大学、美国麻省理工学院、马里兰大学、里海大学、瑞士联邦苏黎世高工、日本东北大学、德国慕尼黑工业大学、乌尔姆大学、澳大利亚蒙纳士大学、法国雷恩第一大学、瑞典皇家理工学院、俄罗斯国立鲍曼技术大学等100多所大学和研究机构签订了合作交流协议。在校留学生人数达到1813人，其中学历留学生1313人，占总人数的72.4%，留学研究生495人，占学历留学生比例37.7%，学历留学生和留学研究生数均居全省第一。学校在美国和白俄罗斯设有3个孔子学院。