南通大学设有22个学院、1个继续教育学院和1个独立学院;设有73个本科专业;拥有1个联合培养博士点、43个硕士学位授予点;拥有1个省高校国家重点学科培育建设点、1个省级重点学科、7个省级重点建设学科、1个省级“135”医学重点学科、7个省临床医学重点专科、1个省高校国家重点实验室培育建设点、3个省(部)级重点实验室、5个省高校优秀学科梯队。现有全日制在校生28053人，其中博、硕士研究生594人。

南通大学有教职工3100多人，教学科研人员近2200人，高职以上1100多人，博士、硕士生导师990人，拥有国家有突出贡献的中青年专家1人，享受国务院政府特殊津贴人员35人，国家杰出青年科学基金获得者1人，教育部优秀骨干教师、新世纪优秀人才3人;省有突出贡献的中青年专家6人，省高校教学名师3人;拥有3个省高校优秀科技创新团队、5个省高校优秀学科梯队。

南通大学图书馆由原三校图书馆组建，分布在主校区、启秀校区和钟秀校区。馆舍总面积47300平方米，阅览座位2860个。有各种大型综合性数据库，购中外文大型数据库50多个，自建数据库4个，购电子图书140万册，硕博士学位论文370.2万篇。馆藏图书225万册，中外文期刊23797种，中外文数据库50多个，配有中英文光盘检索系统，设有“中国国家知识基础设施工程”(CNKI)知识网络一级管理服务中心