南京大学是国际交流合作最活跃、成效最显著的高校之一。与世界30多个国家和地区的230个高校和相关机构建立了合作交流关系，其中包括与哈佛大学等50多所世界一流大学及20多所世界500强企业和基金会结成紧密型合作伙伴。开设了20余个长期学生交流项目，每年派出学生600余人次。此外，还有暑期交流等短期项目，为更多的学生创造了接触世界各地文化的机会。
　　始建于20世纪80年代的南京大学－霍普金斯大学中美文化研究中心迄今已成功举办二十多年，它是中国改革开放以后最早实施的高等教育国际合作长期项目，为中美文化交流事业培养了众多骨干人才，在海内外产生了巨大的影响。目前，南京大学还合作创办了中加学院、南京-纽约学院、南京大学———南安普敦大学联合中心，采用2+2或3+X的联合培养模式合作培养本科生。
　　南大仙林国际化校区的建设更是南大国际化办学历史上又一个里程碑。仙林校区地处南京国际高教园区，校区首批建设的中外合作机构就有：与美国纽约州立大学合办的南京纽约学院，与加拿大滑铁卢大学合办的中加学院，与英国南安普敦大学共建的“南京大学-南安普敦大学联合中心”，与美国、法国、德国有关高校及科研机构合建的“南京大学公共卫生与健康医学合作研究中心”，与法国巴黎第十二大学合建的“中法城市与区域科学研究中心”，与德国哥廷根大学合办的“中德法学研究所”，与法国航天局等合作的“中法合作太阳爆发探测小卫星研究中心”等。
　　南京大学还积极实践“走出去”的战略。去年年底，学校在法国阿尔多瓦大学成立孔子学院，这也是从2007年1月以来，继英国谢菲尔德大学孔子学院、澳大利亚墨尔本大学孔子学院、加拿大滑铁卢大学孔子学院、美国爱默里大学孔子学院后的第五所。同时，学校与德国弗莱堡大学、智利天主教大学共建的孔子学院也正在实施中，这些合作大学大都是全球200强名校。南京大学的办学实力和美誉度也通过孔子学院向全世界展示。