学校拥有作物学、农业资源利用、植物保护和兽医学等4个一级学科国家重点学科，蔬菜学、农业经济管理和土地资源管理等3个二级学科国家重点学科，及食品科学国家重点培育学科，有8个学科进入江苏高校优势学科建设工程，农业科学、植物与动物学、环境生态学、生物与生物化学等4个学科领域进入ESI学科排名全球前1%。

学校建有作物遗传与种质创新国家重点实验室、国家肉品质量安全控制工程技术研究中心、国家信息农业工程技术中心、国家大豆改良中心、农业部综合性实验室、农村土地资源利用与整治国家地方联合工程研究中心、绿色农药创制与应用技术国家地方联合工程研究中心等62个国家及部省级科研平台。“十一五”以来，学校科研经费达25亿元，获得国家及部省级科技成果奖100余项，其中作为第一完成单位获得国家科技进步一等奖1项、二等奖7项、技术发明奖二等奖2项。学校凭借雄厚的科研实力，主动服务社会、服务“三农”，创造了巨大的经济社会效益，多次被评为国家科教兴农先进单位。

学校国际交流日趋活跃，国际化程度不断提高，先后与30多个国家和地区的150多所高校、研究机构建立了学生联合培养、学术交流和科研合作关系。开展了中美本科“1+2+1”、中澳本科“2+2双学位”、中法和中英“硕士双学位”等中外合作办学项目。建有“中美食品安全与质量联合研究中心”、“南京农业大学--康奈尔大学国际技术转移中心”、“猪链球菌病诊断国际参考实验室”等多个国际合作平台。2007年成为教育部“接受中国政府奖学金来华留学生院校”。2008年成为全国首批“教育援外基地”。2012年获批建设全球首个农业特色孔子学院。2013年学校倡议发起并成功举办了首届“世界农业奖”评选及颁奖活动。

学校校区总面积9平方公里，建筑面积72万平方米，资产总值29亿元。图书资料收藏量超过206万册（部），拥有外文期刊1万余种和中文电子图书100余万种。学校教学科研和生活设施配套齐全，校园环境优美。

在百余年办学历程中，学校秉承以“诚朴勤仁”为核心的南农精神，始终坚持“育人为本、德育为先、弘扬学术、服务社会”的办学理念，先后培养造就了包括51位院士在内的20余万名优秀人才。