学校治学严谨，学术氛围浓厚，名家云集，人才辈出，涌现出了一批又一批蜚声海内外的专家、学者，培养并诞生了12位“国医大师”（占全国的三分之一）、5位中医药界院士（占全国的二分之一）。近年来，先后有10余人次荣获“国家级有突出贡献中青年专家”、“国家教学名师”、“全国模范教师”、“全国优秀教师”、“全国先进工作者”、“全国师德建设先进个人”等各类全国性荣誉称号和表彰。

学校是世界卫生组织（WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、中国中医文献检索中心分中心，同时也是首批获国家教育部批准接受和培养外国留学生及台港澳地区学生的高等中医药院校。2010年6月20日，学校与澳大利亚皇家墨尔本理工大学合作建立了全球首家中医孔子学院，时任国家副主席习近平出席了揭牌仪式并发表重要讲话。学校目前与世界90多个国家和地区有着广泛交流和联系，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系，具有较高的国际声誉和影响力。

面向未来，南京中医药大学将进一步继承和发扬办学的优良传统和作风，不断深化体制机制改革，大力实施“人才强校、质量兴校”战略，加强内涵建设，提升办学水平，通过办学规模、结构、质量、效益的协调发展，积极创建“国内一流、国际著名”的研究教学型中医药大学，努力跻身于全国具有鲜明特色的高水平大学行列。