学校具有雄厚的科研实力，设有材料化学工程国家重点实验室、国家生化工程技术研究中心、国家特种分离膜工程技术研究中心和国家热管技术研究推广中心等国家级科研机构4个，省部级研究中心21个，省部级重点实验室16个。何梁何利基金科学与技术进步奖4项、创新奖1项。“十一五”以来，学校科研成果获省部级以上奖励170余项，其中国家自然科学奖二等奖1项、国家技术发明奖二等奖6项、国家科技进步奖二等奖5项。

学校重视科学研究和成果转化，坚持产学研互动发展。南京工业大学科技园为国家级大学科技园，南京工业大学技术转移中心为国家技术转移示范机构，拥有国家知识产权培训（江苏）基地。“十一五”以来，承担了包括国家“973”计划项目、“863”计划项目、国家科技支撑计划项目、国家自然科学基金项目在内的各级各类课题近8000项，科技经费近30亿元，取得了一批高水平研究成果，为相关行业、江苏地方经济建设和社会发展作出了积极贡献。

学校加大对外开放办学力度，先后与30多个国家和地区的60余所高校和研究机构建立了科学研究、人才培养的合作关系，承担了数十项国际合作科研项目。

学校将面向国家急需，世界一流，解放思想，凝心聚力，协同创新，开拓进取，向着“综合性、研究型、全球化”高水平大学稳步迈进，谱写更加辉煌的篇章。