目前，学校设有29个院（系），拥有75个本科专业，29个博士学位一级学科授权点，49个硕士学位一级学科授权点，5个国家一级重点学科（涵盖15个二级学科），5个国家二级重点学科，1个国家重点(培育)学科，13个江苏高校优势学科建设工程二期项目立项学科（群），1个江苏省重点序列学科，14个江苏省一级学科重点学科，30个博士后科研流动站。有3个国家重点实验室，3个国家工程研究中心，2个国家工程技术研究中心，1个国家专业实验室，11个教育部重点实验室，5个教育部工程研究中心，并以此为依托形成了一批重点科研基地。近年来，学校大力加强学科建设，取得丰硕成果。在2012年第三轮全国学科评估中，15个学科进入前20%，有12个学科进入全国前七位，有10个学科位列全国前五位，其中生物医学工程、交通运输工程、艺术学理论等3个学科位列全国第一位，建筑学、电子科学与技术、风景园林学等3个学科位列全国第二位，土木工程、城乡规划学等2个学科位列全国第三位，信息与通信工程位列第四位，仪器科学与技术位列第五位，动力工程及工程热物理位列第六位，公共卫生与预防医学位列第七位，排名第一的学科数并列全国高校第七位。工程学、材料科学、数学、物理学、化学、临床医学和计算机科学等7个学科进入ESI世界前1%；工程学上升到第75位，进入ESI世界前1‰。

在长期的办学实践中，东南大学坚持“育人为本”的办学理念，不断加大教学投入，深化教育教学改革，努力推进素质教育，着力培养学生的创新精神和实践能力。学校在坚持“重基础、重实践、重素质”本科教育教学传统的同时，又进一步提出“卓越化、国际化、研究型”本科教育教学的新境界。东南大学是教育部、中国工程院联合实施高等工程教育改革试点的十所高校之一，是教育部“卓越工程师教育培养计划”和“国家大学生创新性实验计划”首批实施高校;是教育部、卫生部第一批“卓越医生教育培养计划”项目试点高校之一，是拔尖创新医学人才培养模式改革试点和五年制临床医学人才培养模式改革试点学校之一。学校共有5个专业入选国家级综合改革试点项目、23个专业入选国家特色专业建设点，40门课程入选国家精品课程，35门课程入选国家级资源共享课程立项建设项目，7门课程获国家级视频公开课荣誉称号，7个实验中心入选国家级实验教学示范中心及建设点，1个中心入选国家级虚拟仿真实验教学中心。52位教授当选新一届全国教学指导委员会委员，其中5位教授当选高等学校相应专业教学指导委员会主任委员，7位教授当选高等学校相应专业教学指导委员会副主任委员。11个团队入选国家级教学创新团队，连续三届获得国家级教学成果一等奖。30种64本教材获批“十二五”普通高等教育本科国家级规划教材。学校建有4个国家级基地、12个国家级人才培养模式创新实验区和12个国家级工程实践教育中心。吴健雄学院依托学校的重点学科，汇集学校一流教师，享用学校一流资源，配备个性化学习导师，是东南大学精英教育的“人才培养特区”。学校建有一大批校内外实践基地，课外科技文化活动丰富多彩。在第八届“挑战杯”中国大学生创业计划竞赛中获得两金一银，总分并列全国高校第一名。2014美国大学生数学建模竞赛中，获得特等奖2项，一等奖8项，二等奖24项，成绩位列来自世界各国高校7000多参赛队中第二名。在研究生教育方面，东南大学以“培养高素质拔尖创新人才”为己任，积极推进研究生教育教学改革，不断转变教学模式，优化课程体系。