吉林医药学院：学生应当在学院完成学业，原则上不得转专业。只有专长生和特殊生及需求生才可以申请并经批准后转专业。

基础医学院成立于1993年11月，前身为空军医学高等专科学校基础部，编制16个教研室（中心），教职人员204人。1999年7月，转隶为第四军医大学吉林军医学院基础部，2004年8月吉林军医学院整体移交吉林省独立办学，基础部随之更名为吉林医药学院基础医学院。
现有外语、组织学与胚胎学、人体解剖学、生理学、生物化学与分子生物学、病理学与病理生理学、药理学7个教研室；基础医学实验中心1个，下设形态实验室、机能实验室、生物化学与分子生物学实验室，承担学校的大学英语和基础医学课程的教学和实验任务。基础医学院现有教职员工108人，其中教授16人，副教授28人；博士12人，硕士64人。

隶属军队期间，全体教师在基础医学的教学科研工作中，积极探索，勇于创新，共发表学术论文3千余篇，编撰并出版专著、教材50余部，有78项成果获军队科技进步奖。分子生物学实验室、生理机能实验室为军队重点实验室.先后有4人被评为“全军优秀教员”，1人被空军评为“先进工作者”，4人获得总后勤部“育才奖”银奖，42人在教学科研工作中荣立三等功。
2004年从部队移交到地方办学后，基础医学院全体教师积极调整办学思路，转变教育理念，顺利完成了以军事医学为教学重点向普通医学高等教育为重点的转变，在较短的时间内取得了多项成果。1人被评为吉林市劳动模范,1人被评为吉林省巾帼建功模范，1人被评为吉林省教育系统师德先进个人。以窦肇华教授为负责人的《组织学与胚胎学》专科课程被评为国家精品课程，潘文干教授主编的卫生部医学专科规划教材《生物化学》（第五版）获2005年“全国高等学校医药优秀教材”一等奖，以窦肇华教授为负责人的临床医学专业（生殖医学方向）为国家规划建设的第一类特色专业建设点，人体解剖和组织胚胎学被确定为吉林省“十二五”重点学科；组织学与胚胎学教研室被评为省优秀教学团队；获得省教学成果二等奖1项，三等奖1项，省级教学技术成果二等奖1项，三等奖2项，省级科技进步三等奖1项，吉林市科技进步一等奖1项；中药抗微波辐射研究实验室为吉林省中医药管理局二级科研实验室，辐射损伤防治实验室被确定为吉林省高校重点实验室和吉林省卫生厅重点实验室，分子生物学实验室为吉林省中医药管理局二级科研实验室。现有国家级精品课程1门，省级精品课程6门，省级优秀课程6门；承担国家、省、市及学院立项的教学、科研课题40余项，出版卫生部规划教材10部，出版其他教材22部。