上个世纪末，吉林体育学院在国内率先构建了“人文与科学融合的体育专业素质教育课程新体系”，并提出了术科要变“项目教学”为“项目教育”，变“技能传习”为“文化传承”；学科要做到基本理论与变化的环境结合的教学改革新思路，使该院在教学改革方面实现了质的飞跃，其成果在2004年全国大学生运动会科报会获大会首先发言，《解放报》和《文汇报》给予全文转载，教育部通过体育专业院校长培训面向全国给予两次推广。

目前，吉林体院有一支由国家有突出贡献专家、全国武林百杰、省管社科专家、省十大名师等组成的高水平师资队伍，已成功取得了体育专业所有四个硕士学位授予权，本科专业已达6个，建立了1个国家社科基地，建设了2门国家级精品课程、21门省级优秀课程、2个省级重点建设学科，取得了4项国家（部）级教学成果奖、3项吉林省人民政府教学成果奖、2项吉林省教育厅教育技术成果奖。

党委书记、院长宋继新教授首创的“体育冰山学说”和人性修炼原理，针对当前国内体育偏重于追求冰山水面上物化的训练，忽视其水面下无形的人性修炼，以致国内赛场黑哨和假球等“重物轻人”的异化现象日趋严重的问题，率先在全国研究了冰山上下、“人物双修”的体育新理念，为形成学院“厚德博学，育人夺标”的办学理念奠定了理论基础。其成果已成为部分国家队和吉林省培养优秀运动员的重要指导思想，并被省政府以文件形式下发。2003年，北京体育大学向中外学者介绍了这一改革成果。其相关著作《竞技教育学》不仅在全国出版，又被北京体育大学、日本仙台大学、韩国又石大学作为硕士研究生教材或参考书，并存放在洛桑奥林匹克历史博物馆内，受到国际好评。该院在吉林省“武事文取”的体育工作理念和“厚德博学，育人夺标”的办学理念的指导下，创建了“教学、竞技、科研、企业”四位一体的办学新体制。该体制的研究与实践，同国际竞技体育接轨，不但被国家体育总局研究成果赞誉为“地方体育院校改革成功的范例”和“吉林模式”，而且还为国家进行“运动队院校化”的改革提供了依据，尤其是该院新组建的女子散手队、女子拳击队和越野滑雪队已达国际水平。