2000年，原吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并组建新吉林大学。2004年，原中国人民解放军军需大学转隶并入。

学校学科门类齐全，下设43个学院，涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、军事学、艺术学等全部13大学科门类；有本科专业129个，一级学科硕士学位授权点59个，一级学科博士学位授权点44个，硕士学位授权点304个，博士学位授权点244个，博士后科研流动站42个；有一级学科国家重点学科4个（覆盖17个二级学科），二级学科国家重点学科15个，国家重点（培育）学科4个，一流大学与一流学科建设项目47个。

学校师资力量雄厚，有教师6664人，其中教授1978人，博士生指导教师1213人。有中国科学院和中国工程院院士28人(双聘18人)，哲学社会科学资深教授7人，国务院学位委员会学科评议组成员20人，“千人计划”入选者34人，“万人计划”入选者7人，国家级教学名师9人，中央马克思主义理论研究和建设工程项目首席专家5人，国家“973”计划（含重大科学研究计划）项目首席科学家5人，国家有突出贡献的中青年专家13人，教育部“长江学者奖励计划”入选者35人，国家杰出青年基金获得者32人，国家优秀青年基金获得者16人，吉林省“长白山学者”人选65人。

学校现有国家重点实验室5个，国家工程实验室1个，国家地方联合工程实验5个，国家工程技术研究中心1个，教育部人文社会科学重点研究基地6个，教育部重点实验室11个，其他部委重点实验室24个。学校承担了大量国家级和省部级科研项目，产出了一批产业化前景好、技术含量高的高新技术成果。

学校已建立起学士－硕士－博士完整的高水平人才培养体系。在校全日制学生69828人，其中博士生、硕士生24391人，本专科生43887人，留学生1550人，另有成人教育学生145243人。

学校对外交流广泛，校际合作紧密，已与美国、德国、韩国等39个国家和地区的245所高校、科研机构或国际学术组织建立了合作与交流关系。近年来，先后与国外一流高校合作，建立了23个联合研究中心、实验室。

学校坚持“积极发展、规范管理、改革创新”的指导方针，积极引导和推动科技产业在规范管理的基础上健康发展。组建成立吉林吉大控股有限公司，统一规范管理学校经营性国有资产。全面推进学校全资企业的改革，建立和实行现代企业制度。大力推进学校科技成果的转化和产业化，长春吉大·小天鹅仪器有限公司、长春电信工程设计院有限公司、吉林省吉大机电设备有限公司等一批产、学、研相结合的高科技公司正在蓬勃发展。学校科技园已被确定为国家大学科技园。