抗战开始不久，为了使自己的研究与国计民生关系更为直接，邓叔群转向了林业研究。他带领助手深入云南、西康、四川一带，勘察森林资源状况。他们冒风雨，顶烈日日，忍饥寒，摸清了该地区森林资源的组成、分布、蓄积量及病虫害等情况，给制了中国的早期林型图，并提出了合理经营、开发和管理原始森林的研究报告，为大后方建设提供了必要的参考。其中森林的材积估算、轮伐期、更新方法、造林方针等，至今仍有参考价值。

后来，邓叔群拒绝就任农林部副部长，而在甘肃省建设厅厅长张心一的支持下，举家奔赴甘肃，开始黄河上游水土保持的研究。经过几年艰苦奋斗，成功创办洮河林场及三个分场，建立了一整套保证森林更新、营造量大于采伐量的制度，创建了以科学的方法经营和管理森林的新模式。邓叔群认为，水利和林、牧之间具有密切关系，要根治黄河水患，就必须三者并重。为保持黄河上游水土、减轻下游灾害：他提出了森林生态平衡理论。

1948年，邓叔群当选为中央研究院院士。随后，中央研究院要求全体高级研究人员迁往台湾或去美国。他不仅自己明确表示决不离开，还动员其他同宁共同抵制。他对家人说：“别忘了自己是中国人，要为民族富强而奋斗终生，我决不跟腐败的国民党去台湾，也不去美国。”其实在他内心深处，对共产党抱有希望和向往，愿与民族同甘苦，共命运。后来，他早年的学生沈其益受东北解放区领导委托，特地到上海邀请他去东北筹办农学院，他欣然接受邀请，并在半年的时间内，带病编写出一整套农林大学的教材钢要。作为沈阳农学院创建总指挥，他辛勤工作，调度有方，快速、高效地完成了建设设务。

邓叔群生活俭朴，不图物质享受，新中国成立后，他把抗日战争前在南京购建的花园洋房捐献给国家，还三次主动提出减薪，抗美援期时，他将自己的积蓄捐作军用。1960年，他受林业部