吉林师范大学科研事业发展迅速。近5年来，共承担国家、省、市级科研项目750余项，公开出版学术专著、编著、教育部指定教材等200余部，公开发表学术论文5000余篇，其中SCI、EI收录500余篇，获省、市级以上科研成果奖励500余项。现有1个教育部重点实验室（省部共建），1个吉林省科技创新中心，1个吉林省高等学校重点实验室，1个吉林省高等学校工程研究中心，2个吉林省哲学社会科学重点基地，1个吉林省高校人文社会科学重点研究基地，7个吉林省重点学科。2005年被省教育厅评为“全省高校为振兴老工业基地服务先进单位”，2006年被评为全省社科规划项目管理工作和全省教育科研工作先进单位。

吉林师范大学对外学术交流十分活跃，校际合作广泛。在国内，与全国各师范大学及部分综合性大学建立了校际合作关系；国际上，与美国、俄罗斯、日本、澳大利亚、乌克兰、韩国等国家的20多所高校和教育机构建立了合作关系。

1999、2004年，吉林师范大学连续两次被中共吉林省委、吉林省人民政府评为“模范集体”。“十一五”期间，吉林师范大学提出了到2020年建成“以教师教育为主，多学科多层次协调发展的高水平师范大学”的奋斗目标。展望未来，吉林师范大学将与时俱进，全面落实科学发展观，以改革为推动力，坚持发展是硬道理，强调质量是生命线，努力实现规模、结构、质量和效益的协调统一，朝着建设高水平师范大学的宏伟目标阔步迈进。