然而，从生态学的角度来看，用转基因技术提高农作物产量，恰恰是将简单问题复杂化了。在取得上述好处的同时，转基因作物种植带来的好处可完全被下来坏处所抵消，甚至弊远大于利，这些已知道的害处就有：

一是转基因作物作为食品不安全。从俄罗斯、法国科学家进行的独立试验来看，转基因作物具有一定的慢性毒性(Bt毒蛋白和草甘膦农药残留明显高于传统作物)，长期喂养试验动物，导致肝损伤、肿瘤、生育能力下降等。一些转基因垄断公司明知道这一害处，因此他们害怕科学家的独立试验，拼命抹黑有不同发现的科学家，他们霸道地规定进行转基因作物喂养小白鼠等试验动物不能超过90天。

二是对生态环境和生态平衡的破坏。转基因作物本身具备的抗虫性是片面的，是仅针对主要害虫转移的抗虫基因(常用的为Bt基因)，对于其他害虫还离不开农药，这样就容易造成“小虫成大灾”，农药用量不降反增；对于抗除草剂的作物，由于转基因作物具有的抗除草剂的能力，喷洒的草甘膦农药就会更多，且杂草产生了抗药性后，草甘膦农药使用量也会增加。美国“超级杂草”、“超级害虫”的出现，恰证明了转基因作物种植后可导致生态灾难发生。

三是食品营养成分发生非预期改变。物种的基因在长期进化中，是适应生态环境的，是与特有的物种相匹配的。内部基因也是平衡的，少一个会进化出来，多一个会排斥出去。人为向其它物种增加了基因片段，其制造的营养物质已经不是传统作物的营养物质，根本不存在什么“实质等同”，否则，欧盟等国家就没有必要对于转基因作物实施严格的控制，所有国家也没有必要对转基因作物进行生物安全评估或管理。这个事实已被中国中山大学的科学家所证明，他们发现抗虫水稻的营养成分不同于传统水稻。另外，国外科学家发现，转基因作物中的大量元素和微量元素含量也不同于普通作物，一些有利于人类健康的元素含量发生了非预期下降。

四是转基因会发生基因污染。这方面的信息非常多不再展开介绍。说白了就是物种跨分类学量级横向转基因，转进去容易的，逃逸出来也容易。