1936年后，冯玉祥曾任国民政府军事委员会副委员长，第三、第六战区司令长官。

　　1937年七七卢沟桥抗战爆发后，相继任第三、第六战区司令长官，不久受蒋排挤离职，仍奔走于鄂、豫、湘、黔、川等省，积极从事抗日救国活动。抗战胜利后，为形势所迫，于1946年以水利考察专使名义出访美国，同时被强令退役。从1947年起，在美公开抨击蒋介石的内战、独裁政策，积极支持国内人民的爱国民主运动，并以20年亲身经历，撰写《我所认识的蒋介石》一书，对蒋的专制独裁统治作了深刻揭露。

　　1948年1月中国国民党革命委员会在香港成立，当选为常务委员和政治委员会主席。随即发起组织民革驻美总分会筹备会。7月应中共中央邀请参加中国人民政治协商会议筹备工作，在苏联驻美大使潘友新的帮助下，自美国回国乘胜利轮途经黑海在向敖德萨港（今属乌克兰） 行进途中，因轮船失火，于9月1日与女儿冯晓达一起遇难，享年66岁。

　　1949年9月，在冯玉祥遇难一周年之际，中共中央在北平隆重举行追悼会。毛泽东送了挽联，周恩来致悼词，高度评价了冯玉祥为实现民主的新中国所做的努力。

　　1953年，根据冯玉祥生前的愿望，将他的遗骨安葬在泰山。安葬仪式上，毛泽东、周恩来、朱德等国家领导人题写了挽联，郭沫若题墓壁冯玉祥先生之墓。