1987年至1991年任中共上海市委副书记、市长、市委书记。
1991年至1992年任国务院副总理兼国务院生产办公室主任、党组书记，兼国务院经济贸易办公室主任、党组书记。
1992年10月当选为第十四届中共中央政治局委员、常委。
1993年3月在全国人大第八届一次会议上被任命为国务院副总理。
1993年6月至1995年6月兼任中国人民银行行长。
1997年9月19日在中共第十五届一中全会上当选为中央政治局委员、常委。
1998年兼任国家科技教育领导小组组长。
1998年3月至2003年3月任国务院总理。
1998年4月兼任国家经济体制改革委员会主任，5月兼任国务院三峡工程建设委员会主任。
朱镕基近况：
2003年3月，朱镕基正式从国务院总理职位退休。退休后，朱镕基深居简出，异常低调，大多时间都闭门谢客在家读书，不再于公众场合露面。他最大的原则，就是不谈工作。他明确表示，不在其位，不谋其政。他甚至还常以一介草民幽默自称。
离开中南海的朱镕基，并不固定在北京居住。他去过上海，去过湖南，也去过广东。但无论在北京，还是在外地，每当一些地方官员礼节性地来访时，快人快语的朱镕基总是开门见山先行表态：不谈工作！
人们发现，退休前后的朱镕基判若两人：退休前，他是个公认的工作狂， 五十多年的工作，早已成为他的生活习惯和第二生命。尤其他那极其严肃的表情，严厉的态度，犀利的语言，敏锐的目光，以及他做事果断、大刀阔斧、雷厉风行，又铁面无私、刚正不阿的风格，都给世人留下了极其深刻的印象，令许多官员敬畏甚至颤栗不已；退休后，他最大的原则就是不谈工作，但喜欢同普通人聊天。他看书、练书法、拉胡琴。兴致来时，还会与夫人劳安一起妇唱夫随地来一段京戏。过去的严厉与严肃渐渐淡去，面相温和慈爱了不少，笑脸也日趋增多。比如他去医院看眼、看牙时，其人到哪里，笑声就跟到哪里，且谈笑风生的水平煞是了得，医务人员经常乐成了一团……
朱镕基非常注重自己的晚节，至今仍视清名高于一切。吏不畏吾严，而畏吾廉；民不服吾能，而服吾公；公则民不敢慢，廉则吏不敢欺。公生明，廉生威。朱镕基曾表示：我只希望在我卸任之后，出了人们的视线，全国人民能说一句，他是一个清官，不是贪官，我就很满意了。如果他们再慷慨一点，说朱镕基还是办了一点实事，我就谢天谢地了。朱镕基既是这样说的，也是这样做的。
虽然朱镕基渐渐地从公众的视野中消失了，但他极其崇高的人格魅力和做事风格，将永远留在人们心中，永远是各级领导干部学习的典范。
楚天都市报讯 昨日公布的《2014胡润慈善榜》显示，中国首富阿里巴巴的马云以145亿元捐赠额刷新中国慈善纪录，成为新一届中国最慷慨的慈善家。此外，还有3位非企业家身份的慈善家荣登《2014胡润慈善榜》，分别是朱镕基、徐绍村和李春平。

朱镕基，原国务院总理。过去一年朱镕基将其著书《朱镕基讲话实录》和《朱镕基上海讲话实录》所得版税悉数捐赠于实事助学基金会，共资助2398万元。

据人民网2013年9月6日报道：

2013年1月，实事助学基金会经民政部批准正式注册成立。