日中友好21世纪委员会日方委员、日本庆应大学教授小岛朋之在接受媒体采访时曾透露，2006年8月，安倍晋三参加了东京-北京论坛，王毅抓住机会与安倍进行了对话。当时，安倍当首相的呼声最高，王毅主动和他握手，传达信息：只要放弃参拜，中日关系有可能转好。一个多月后，安倍晋三就任首相，10月8日，他到访北京展开破冰之旅，中日关系迎来转机。

破冰之旅之后有中国领导人的回访。2007年4月，温家宝总理出访日本，这一次融冰之旅是中国总理7年来首次访日，王毅全程陪伴，还在温家宝与民众聊天时帮忙做翻译，这次融冰之旅无疑给王毅的驻日大使生涯添上了圆满一笔。

2007年9月，王毅卸任驻日大使回国，2008年出任中央台办、国台办主任一职。王毅2010年接受《亚洲周刊》专访时表示，非常愿意赴台湾交朋友，亲戚越走越近，越走越亲。他还表示，致力互信、搁置争议、求同存异、共创双赢这十六个字可以成为新时期两岸关系交往的行为准则。