琅威里不仅在治军方面严谨过人，还主张中国应利用北洋水师的强大实力来提升国家威信。1885年，北洋水师的两大主力战舰定远、镇远曾经与济远、威远两舰前往日本长崎，然而镇远舰上的水兵们在上岸后与日本浪人和巡捕爆发流血冲突，致使中国方面水兵多人受伤。这次冲突事件被称为镇远事件。而琅威里得知消息以后气愤不平，甚至要求丁汝昌使用军舰上的重炮对长崎给予炮击来警告日本，但是遭到丁汝昌的拒绝。在我们今天来看，琅威里的主张或许过于激烈，但不可否认的是，他身为一名外国人，却全心全意为了中国的海军建设而尽着全力。
然而，琅威里严格的治军态度最终为他的教习生涯划上了句号。在琅氏上任初期，北洋的士官生们还知道技不如人，尚能服从琅氏严格的管理。等这批人逐渐升上管带（舰长）后，就再也不能容忍一个洋人在他们面前指手划脚了。他们与琅威里的矛盾冲突越来越尖锐，终于在舰队南下香港避冻时发生了撤旗事件，琅威里被迫离开了北洋水师。

北洋水师为此付出了沉重的代价，当时大清无人具备琅威里那样的执教水平，更不具备他那种一丝不苟的敬业精神，整个舰队很快就从内部开始懈怠腐化。
但是关于北洋水师的训练水平，也有很多不实传闻。
1、有说北洋水师训练时预量码数，设置浮标，遵标而行。码数已知，放固易中。
实际上这是当时各国海军的通行惯例。
2、舰队平时不仅训练松懈，还为了高级将领们的私利忙于运输任务。
在筹划海防时，左宗棠等人就提出了军民两用的概念，所造军舰配置货舱，用于平时运货补贴军用。北洋水师军舰职能相对单一，所以军舰不用于民用，但是有部分辅助船用于客货运输，以补贴军费，并非将领私人行为。
3、据传闻东乡平八郎（后任日本联合舰队司令，日俄战争中对马海战的日方指挥官）曾上舰参观，见甲板上供着关公神像，一地散乱的剩饭，炮管一摸一把灰，甚至出现在主炮上晾晒衣裤这种军纪松弛到极点的行为。他回到日本便评价说仗不用打，中国输定了。
这个是日本作者编写东乡平八郎的传记的时候，为了吹嘘东乡平八郎而编造的故事。晾衣事件实际上是，当时的军舰是以蒸汽机为动力的，军舰内部比较潮湿，衣服不容易晾干，所以衣物一般都是放置到军舰外部，露天的地方晾干，当时各国海军均如此做，并不只限于北洋水师一家。
1895年甲午战争结束后，部分北洋海军舰船被日军俘虏，在威海等地战沉的一些北洋海军舰船也遭拆解。至今，有关舰船的遗物在日本各地仍能寻觅。2011年7月末，著名海军史学者陈悦和海军史研究会萨苏先生等一起在日本进行了实地勘查，为纪念甲午大东沟海战爆发，特开辟专题，将考察期间拍摄到的在日本北洋海军遗物照片陆续展出。
北洋海军甲午惨败实属必然：
实践是检验真理的唯一标准。军人的实践，军队的实践，从最根本上来说都是这两个字：战争。战争从来用血与火，对一支军队进而对一个国家作出严格检验。被甲午战争检验了的北洋海军，是一支什么样的军队呢？

　　官僚倾轧下的窘迫成长

　　一支在官僚倾轧中艰难成军的海军，从始至终的窘迫绝不仅源于挪用经费

　　北洋海军成军主要受到三个事件的推动：1860年的第二次鸦片战争，1874年的台湾事件，1884年的中法战争。这三大事件，无不与海上力量的有无和强弱密切相关。在危机愈加深重的时刻，清廷终于确定惩前毖后，自以大治水师为主的决断。