第三局（政经情报局） 主管各国政经科技情报搜集
第四局（台港澳局） 主管该地区情报工作
第五局（情报分析通报局） 主管情报分析通报、搜集情报指导
第六局（业务指导局） 主管对所辖各省级厅局的业务指导
第七局（反间谍情报局） 主管反间谍情报搜集
第八局（反间谍侦察局） 主管外国间谍的跟监、侦查、逮捕暗杀保护渗透策反等活动
第九局（对内保防侦察局） 主管涉外单位防谍，监控境内反动组织及外国机构（应该还包括侦查逮捕暗杀保护渗透策反等）
第十局（对外保防侦察局） 主管驻外机构人员及留学生监控，侦查境外反动组织活动（应该还包括侦查逮捕暗杀保护渗透策反等）
第十一局（情报资料中心局） 主管文书情报资料的搜集和管理
第十二局（社会调查局） 主管民意调查及一般性社会调查
第十三局（技侦科技局） 主管侦技科技器材的管理、研发
第十四局（技术侦察局） 主管邮件检查与电信侦控
第十五局（综合情报分析局） 主管综合情报的分析、研判
第十六局（影像情报局） 主管各国政、经、军等影像情报
国家安全部相关学术机构
国际关系学院
地处北京市海淀区皇家园林风景区，西望颐和园，东邻圆明园，毗邻中央党校、北京大学、清华大学等著名学府和中关村科技园区中心区。已有50多年成长发展的光荣历史，以培养新中国高级涉外工作专业人才著称。
中国青年政治学院
中国青年政治学院是共青团中央直属的普通高等院校，位于高校林立的北京海淀区，是在具有光荣革命传统的共青团中央团校的基础上，于1985年成立的。中央团校成立50多年来，一直受到党和国家领导人的高度重视和亲切关怀，历任团中央领导冯文彬、胡耀邦、韩英、王兆国、胡锦涛、宋德福、李克强，周强都曾兼任学校校（院）长，学院现任院长是共青团中央第一书记胡春华同志。地址北京市海淀区西三环北路25号。
江南社会大学
为国家安全部部属院校。座落在江南水城苏州，具有现代化的教学设施和优美的校园环境。
现代国际关系研究院
前身为中国现代国际关系研究所，根据中央关于建立一批国际问题研究机构的指示，于1980年正式成立，2003年更名为中国现代国际关系研究院。研究院下设七个研究所、三个院直属研究室、十个研究中心以及院长办公室等职能部门，现有研究、行政和辅助人员约380人，其中研究员、副研究员150人。
2、解放军总参谋部第2，第3部
总参情报系统分为2部、和3部，早在红军时期就已组建，并为中国的解放战争事业做出了重大贡献。建国后战功卓著的李克农大将正式组建总参2部和3部，并出任第一届3部部长。总参军情系统工作方针非常明确，主要负责侦察各国有关军事情报，外军的装备、部署、编制、作战意图、方向等军情都在侦查范围之列。此外，还负责军队内部保卫及反间谍工作。从分工上看，2部负责管理内外勤特派人员及驻外各国武官，3部主要负责技术侦察，包括监听、密码破译、无线电侦察等。各部下辖若干局分别负责台湾、美国、欧洲等方向工作。99年克林顿总统访华时，就是由总参3部三局负责全程技术保障与侦察。