长久以来，民间还流传着一个说法，明孝陵的地下玄宫被盗了。一时间，各种猜测纷纭。探测工作是从1998年12月开始的，采用的就是无破坏性的精密磁测技术，并配合地面调查研究，查明了明孝陵地下玄宫的位置，确认朱元璋就葬在独龙阜下数十米处，而且这座地下宫殿保存完好，排除了过去流传的地宫被盗之说。

　　神宫监可能有两个

　　古代帝王生前居住的地方叫皇宫，而死后安息的地方叫陵宫，也叫神宫。神宫监，明朝管理神宫的中央专设机构，规定必须靠近神宫但又不能在神宫内。600多年的风雨飘摇，神宫监早已被尘土湮没。在洪武皇帝的玄宫昭然于世以后，探寻神宫监的具体方位成了又一重头戏。据透露，在近几年对神宫监的钻探研究中，文物工作者们发现了两处疑似神宫监的遗址。

　　1999年，研究人员在神宫前金水桥内神道东侧钻探时，发现了砖结构和石构件遗址，附近还有一口砖头砌成的水井，水井四周有大型柱础暴露于地表。通过跟已经确定的孝陵别处的砖、石进行对比和比较，研究人员确定该处遗迹与孝陵属于同时期的建筑。

　　由于该处遗迹是当时发现的靠近神宫的惟一建筑，所以文物工作者猜测该建筑很有可能就是神宫监的所在。然而，到了2000年春，研究人员又在神宫的西南角发现一片建筑遗迹，边宽一米左右的石柱础和少量的绿琉璃构件，这些绿琉璃跟孝陵里发现的一样。距这片遗迹20米左右处，他们也发现了一口明代的水井。都有生活设施水井，而且靠近神宫，两处神宫监，到底谁是谁非?由于没有文献对神宫监的具体方位和数量作过记载，所以只有经过钻探、清理发掘以后才能对此作出正确判断。