在国民党的派系中，此时仍有保守的「终极统一派」，以外省势力为核心，也有「台湾本土派」，以李登辉等台籍人士为核心。2000年在民进党获得政权后，台湾民众本土意识高涨，国民党沦为在野党，党内人心惶惶，深恐政权一去不复返，而国民党内保守派责怪李登辉的本土化政策是失去政权主因，故而将李登辉排挤、边缘化。

　　2001年民进党政府片面停建核能电厂，引发产业界哗然；国民党又主导缩减劳工工时议案，引发中小企业主不满。于是李登辉从中撮合产业界与国民党本土派、台独泛绿人士结合，成立第三政党「台湾团结联盟」（台联），成为精神领袖；对于国民党来说，李登辉则是在风雨飘摇之际，分裂政党的一颗毒瘤。

　　2001年9月21日，连战领导的国民党中央考核纪律委员会，以「李登辉同志公开抨击本党，结合其它社团与政党打击本党，其言行严重违反党纪」（党章第三十五条），撤销李登辉党籍。
　李登辉被马英九痛批：
　　据媒体报道 马英九总统，昨天投书《中国时报》社论，抨击前总统李登辉访问日本期间做出"尖阁(大陆称钓鱼岛、台湾称钓鱼台)是日本的，不是台湾领土"的说法，指他违反史实、宪法、国际法，严重伤害国家主权、人民感情，应该收回言论并向台湾民众道歉。

　　据台湾媒体综合报道，马英九在文中以历史、地理、地质和国际法这四个层次，来说明钓鱼台隶属于中华民国。他表示，钓鱼台自1403年起，就是台湾属岛的固有领土，而在地理上钓鱼台距离基隆102海里，比日本的冲绳更近点一些，渔场一向属于台湾。

　　此外，在地质上，钓鱼台属于台湾本岛的自然延伸，而且美国和日本1971年签署的"冲绳归还条约"中，已经强调仅将钓鱼台的"行政权"交给日本，而并非"主权"。

　　马英九也表示，自己"身为中华民国总统，捍卫钓鱼台主权与渔权为我天职"，因此在2013年和日本签订了"台日渔业协议"，达成"主权不让步、渔权大进步"的阶级目标。

　　马英九在文末也呼吁过去与未来的总统:"不论曾任中华民国总统或未来可能担任总统的人，都不容在国家主权上有任何懈怠或背叛。"

　　中国大陆《人民日报海外版》昨天也刊登了一篇署名评论文章，并以"李登辉的'媚日'皮与'台独'骨"的标题，批评李登辉的"媚日言论"。

　　李登辉上个月访问日本，在东京日本特派员协会的记者会上，回答媒体有关中日领土纠纷的询问时，毫不犹豫地(台湾综合讯)台湾总统马英九昨天投书《中国时报》社论，抨击前总统李登辉访问日本期间做出"尖阁(大陆称钓鱼岛、台湾称钓鱼台)是日本的，不是台湾领土"的说法，指他违反史实、宪法、国际法，严重伤害国家主权、人民感情，应该收回言论并向台湾民众道歉。