随着时间的推移逐渐平息，但是中菲双方的角力并没有停止，一些外国研究机构也加强了对南海信息的收集和分析。
1998年10月，菲律宾重新把美济礁事件挑起。他们拍了一组中国船在原建筑旁卸货的空中侦察照片，指责中国在美济礁扩大"军事建筑"。菲律宾国家安全顾问亚历山大·埃格里（AlexanderAguirre）将军说，这些建筑"可以被用作渔民避难所之外的目的"。菲律宾国防部长奥兰多·默卡多（OrlandoMercado）亦说："我对他们在美济礁建造的东西感到怀疑"。为了扩大事态，他们不惜故伎重演，于11月29日派出海军把在仙娥礁附近捕鱼的20名中国渔民拘捕，投入巴拉望岛普林塞萨港的一个牢狱里。他们原以为藉此可挑起东盟其他国家对中国的不满，但这些国家当时正处于经济危机，无暇顾及此事，东盟秘书长罗多尔福·塞弗里诺（RodolfoSeverino）说："我们有更大的问题需要解决，特别是经济问题"。于是，菲律宾只好求救于一位影响较小的美国低级官员--共和党国会议员达纳·罗拉巴彻（DanaRohrabacher）。这位众议院国际关系委员会的资深会员于12月10日乘菲律宾空军C-130运输机飞过美济礁上空。他煽动说："当我们飞过上空时，看到中国人正在拼命地建筑这些防御工事。我们看到焊光闪烁，看到恐惧与不祥之兆。中国人把战舰派到离其海域数百海里，为的是夺取一个邻国的领土。"他指责克林顿政府企图淡化美济礁事件，以阻止国会对其中国政策的批评。他发誓支持菲律宾总统埃斯特拉达要求美国在装备上支援菲律宾海军。在这位美国议员的鼓气下，菲律宾政府似乎更忘乎所以，扬言要把美济礁问题提交国际仲裁。但是，中国方面坚持说，在美济礁建造的是渔民避风场所，在工作开始之前就已事先通知过菲律宾驻北京大使，菲律宾所提供的空中照片与事实不符。双方举行了多轮谈判，中方代表坚决表示，争议只能通过双边谈判，反对多边谈判与国际化，也不同意菲律宾提出在4年内拆除美济礁上所有建筑的要求。
从1998年下半年到1999年初的几个月里我国工人在海军护卫舰的保护下，在美济礁修建了4座钢筋混凝土结构的3层建筑，使该岛礁成为中华人民共和国的一个永久前哨。菲总统埃斯特拉达曾命令菲海军前往封锁们美济礁的进出口。但菲外长很快为埃斯特拉达改口，对外"阐明"了总统的"意图"，他告知媒体说，总统埃斯特拉达的原意时让菲海军加强对美济礁的监视。事实上，埃斯特拉达是想用武力封锁美济礁的，但遭到菲海军方面的劝阻，因为他们很清楚自己的力量是敌不过2艘在附近游弋的中国海军"江湖"级护卫舰。
美济礁终于回到人民的怀抱！
南沙群岛赤瓜礁
赤瓜礁(ChiguaJiao)，是南沙群岛九章群礁中一暗礁。目前由中华人民共和国实际控制，行政上隶属于海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处。赤瓜礁附近有越南占领的景洪岛、鬼喊礁、琼礁三个礁盘。特别是鬼喊礁，与赤瓜礁是一个大礁盘，相距仅2.4海里，通过望远镜，敌人每天出操、训练甚至晒的衣服都一清二楚。
赤瓜礁位于南沙群岛九章群礁的西南端。西北距鬼喊礁约1.7海浬。整个赤瓜礁为一个呈三角形的巨大礁盘(称：赤瓜礁岛礁），内有次成潟湖发育，已形成一个小环礁地形，次成潟湖已为白沙填充，呈狭长状，东北有缺口与外海相通，礁盘上有褐色火山岩出露出海面1.3米。
1987年2月，联合国教科文组织通过了（《全球海平面联测计划》，决定在全球范围内建立200个海洋观测站，中国负责承建5个，其中在西沙、南沙各建1个。中 国决定利用在南沙建立海洋观测站的有利契机，名正言顺地进入南沙，维护南沙主权。中国政府决定派遣海军舰艇编队，前往南沙群岛巡航。