目前，国内有关南京大屠杀事件的文章和著作中，都有南京保卫战的内容，但关于进攻南京的日军兵力部署，有许多不同的叙述。如有的说：日本二三十万大军围攻南京。究竟是20万还是30万，不很明确。有的说:"1937年12月1日，日本大本营下达了《大陆命第八号命令》：华中方面军司令官松井石根指挥上海派遗军(以朝香宫鸠彦为司令官，辖藤田进的第三师团、吉住良辅的第九师团、山室宗武的第十一师团、荻洲立兵的第十三师团、中岛今朝吾的第十六师团和伊东政喜的第一〇一师团)和第十军(以柳川平助为司令官，辖谷寿夫的第六师团、牛岛贞雄的第十六师团、末松茂治的第一一四师团和第五师团国崎支队)，协同海军，攻占南京。松井石根接到命令后，除以第一〇一师团留驻上海外，集中全部兵力，分三路直扑南京：右路以第十一、第十三、第十六师团，沿京(宁)沪铁路向西进犯，攻夺乌龙山要塞，并渡江北上，切断津浦线和江北大运河，堵截南京守军北撤之路；中路以第三、第九师团，循京(宁)杭公路攻击南京，左路以第六、第十八、第一一四师团和国崎支队，沿广德、宜城一线西进，直取芜湖，切断南京守军沿江西去的退路。南京大屠杀有多少日军，南京大屠杀时日军兵力？

但实际上《大陆命令第八号》极为简单，原文是：命令：中支那方面军司令官须与海军协同，攻克敌国首都南京。详细部署则命令按参谋总长指示办理活。而根据其实际进军的情况来看，上述右路第十一师团，实际上只有这个师团的天谷支队(步兵第十旅团长天谷直次郎少将，以第十二联队为基干)，协同第十三师团主力。在镇江渡过长江，迂回中国军。而该师团主力则开赴台湾(淞沪战役时，日统帅部曾从台湾守备队抽调兵力，组织重藤支队，增援上海)。
第十三师团一部分在江阴渡过长江，主力则在镇江渡过长江，堵截南京守军北撤之路。但这个师团派出了山田支队(第一〇三旅团长山田梅二少将，以第六十五联队为基干)，沿长江南岸进攻，直到南京近郊的幕府山。
所述中路第三师团，实际上只派出了先遣队参加对南京的进攻，占领了南京的通济门和武定门。而该师团主力则在苏州方面。所述的左路第六、第十八、第一一四师团和国崎支队，并非全部直取芜湖，切断南京守军沿江西去的退路，而只有第五师团国崎支队(第九旅团长国崎登少将，以第四十一联队为基干)，在采石以北的慈湖镇渡过长江，从乌江进攻并占领了浦口；第十八师团侵占了芜湖。其余均为正面进攻南京的部队。
还有第一〇一师团，虽然在占领上海后担任上海附近的警备，以后转向杭州进攻，但其大岛部队(可能是一个大队)，却与十六师团等一起，从苏州、江阴、常州向南京追杀，在其为炫耀武功所拍摄的众多照片中，有在南京城外俘虏中国军1.5万人和在仙鹤门屠杀4000俘虏的两张照片，成为其参与南京暴行的铁证(见《支那事变纪念写真帖伊东部队》，军御用达三益社，昭和十四年)。
还有海军第十一战队，从镇江向乌龙山炮台和南京下关江面进攻，在中山码头登陆。
从正面进攻南京的日军部队有：第十六师团(从汤山、麒麟门到中山门、下关)、第九师团(孝陵卫以南到光华门)、第一一四师团(袜陵关、方山、雨花台、中华门)、第六师团(牛首山、板桥、雨花台、中华门、江东门、三汊河)及海军第十一战队(从乌龙山至下关江面)。加上上面说的第十三师团的山田支队，第三师团的先遣队，第一〇一师团的大岛部队。而从南京外围迂回的则有上面说的第十一师团的天谷支队，第十三师团主力、第五师团国崎支队和第十八师团。