学校现有教育部重点实验室1个，国家中医药管理局研究中心10个、重点研究室3个、三级实验室10个，黑龙江省级重点实验室6个，黑龙江省普通高等学校重点实验室5个，黑龙江省校企合作工程技术中心2个，科技部中医药国际科技合作基地1个，国家中医药管理局中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省中医药国际科技合作基地1个，黑龙江省科技创新平台1个。现为国家“973计划”项目首席科学家单位。曾先后获得各级各类科研课题立项3245项，其中国家“973”项目4项、“863”项目1项，国家“十三五”国家重点研发计划项目1项；获得各级各类奖励1008项，其中国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖8项、吴阶平—保罗·杨森医学药学奖2项、吴阶平医药创新奖1项、高等学校科学研究优秀成果奖一等奖2项、中国中西医结合学会科学技术奖一等奖3项、中华中医药学会科学技术奖一等奖3项、黑龙江省科学技术奖一等奖14项、中国中医药研究促进会科学技术奖一等奖1项。学校培养的博士撰写的论文分别于2008年和2012年获得教育部、国务院学位委员会“全国优秀博士学位论文”。学校教学科研设备总值达3.57亿元，有超导核磁共振波谱仪、超高效液相质谱联用仪、电子显微镜（透射）、激光共聚焦扫描仪等一批大型精密仪器设备。在中药血清药物化学研究、中药天然药物药效物质基础研究方面处于国际先进水平，在方剂配伍规律、针灸作用机理研究和中医药治疗内科、妇科、肾病等重大疾病的临床研究方面处于国内领先水平。

学校附属第一医院（第一临床医学院、护理学院）为国家中医临床研究基地建设单位、国家三级甲等医院、全国示范中医医院。学校附属第二医院（第二临床医学院、针灸推拿学院暨康复医学院）是我省首家获得国家药物临床试验机构认定的中医院，为全国首批现代化中医院建设单位。两所附院拥有床位2800张，有国家重点专科19个、省重点专科20个，年门诊量突破140万人次，实现业务收入12亿元。当前，学校正在加快推进东北三省最大的集医疗、康复、护理、养老于一体的新型“医养结合”模式的养老养护康复机构建设，占地面积40万平方米，规划设置10000张养老养护康复床位的新型医疗服务机构正在哈南工业新城拔地而起。国家中医药管理局局长王国强调研附属二院哈南分院，对项目建设给予充分肯定，哈南分院正式投入使用，首期开放床位500张。

学校拥有东北三省唯一一家药物安全性评价中心，建立了黑龙江省中药材GAP研究中心；现为“省医药工业校企合作专业委员会”牵头单位，建成了占地100万平方米的清河中药材种子种苗繁育基地。学校编辑出版的《中医药学报》、《中医药信息》、《针灸临床杂志》均为中国自然科学Ⅰ类期刊，均被收录为中国科技核心期刊。