学校建设有先进的教学与科研基地，现有2个黑龙江省重点实验室（抗纤维化生物治疗实验室、麻醉与危重病学实验室），2个黑龙江省高校重点实验室（组织损伤与修复实验室、肿瘤疾病防治实验室）；依托学校建有黑龙江省生物医药技术服务平台、黑龙江省博士后创新创业实践基地、黑龙江省高校校企共建工程技术研发中心和牡丹江市北药开发实验基地等科研平台；基础医学实验教学中心、临床技能实验教学中心和药学实验教学中心为黑龙江省实验教学示范中心。

近年来，学校教师参加教材编写230部，其中主编教材69部；承担国家级、省部级科研课题120多项；承担省部级教育教学研究课题83项；获得省部级科学技术奖29项、省部级教学成果奖8项；发表学术论文5489篇，其中被三大检索收录论文272篇。2009年，合作获得国家技术发明二等奖1项。《牡丹江医学院学报》在国内外公开发行。

学校图书馆馆藏文献130万册，校园网“千兆（1Gbps）为主干，百兆到桌面”，运行3个校级网络应用系统（教务、网络教学、办公网）、1个学校门户网站和42个二级网站，教研室、教室、实验室终端与学校网络中心宽带互连，实现了资源共享。

学校与俄罗斯太平洋国立医科大学、美国洛克菲勒大学、美国田纳西大学、韩国建阳大学、新西兰奥克兰大学、新西兰怀卡托理工学院、英国贝德福德大学、菲律宾法蒂玛大学等国外院校建立了稳定的交流与合作关系。

学校秉承“立德立行、唯实唯新”的校训，弘扬“执着、爱校、求实、合作、创新、奉献”的牡医精神，坚持“人本、厚德、尚能、强技”的办学理念，突出“以德为先，注重人文，强化实践，服务基层”的办学特色，注重学生实践能力的培养，毕业生综合素质和适应能力不断提高，受到用人单位的欢迎，得到了社会的广泛认可。

建校以来，学校共培养医学、药学等专业毕业生5万余人，他们活跃在祖国的医药卫生战线，大部分已经成为学科带头人和业务骨干，为黑龙江省和全国医药卫生事业发展作出了重要贡献。