学校具有“三海一核”领域主体学科特色鲜明、相关学科支撑配套、专业结构布局合理的特色学科专业体系。现有一级学科博士点12个，一级学科硕士点27个，本科招生专业55个，博士后科研流动站12个，博士后科研工作站2个。一级学科国家重点学科1个、二级学科国家重点学科1个，国防特色学科11个、国防特色专业7个，教育部“十二五”专业综合改革试点4个，“十二五”黑龙江省重点学科群1个、一级学科11个。“现代舰船与深海工程”跻身国家“优势学科创新平台”行列，材料科学、工程学、化学进入ESI全球前1%行列。

学校以精英教育为目标，构建了理论教学、实验实践教学、学生创新创业“三位一体”育人格局，着力培养高素质的创新型人才，打造一流的工程师、行业领军人才和科学家。近年来，学生在“挑战杯”大学生课外学术科技作品竞赛、亚太及全国大学生机器人电视大赛、国际无人水下机器人大赛等国际国内各类赛事中获得国际和国家级奖逾千项。2011年成立创业教育学院，设立大学生千万创业基金。学校被授予中国青年科技创新行动示范基地、全国五四红旗团委标兵、全国青年创业教育先进集体等称号。本科生、研究生一次就业率保持在90%以上，连续8年位列黑龙江省高校第一名，成为全国毕业生就业50所典型经验高校之一；全国百篇优秀博士学位论文及提名获奖占全国船舶与海洋工程学科获奖总数的40%，省优秀硕士学位论文数量连续两年名列黑龙江省第一名。毕业生以“可靠顶用”而受到用人单位的广泛赞誉。2009年，学校被评为全国普通高校毕业生就业工作先进集体。继2006年获得教育部本科评估优秀评价之后，2009年和2010年，学校分别通过工业和信息化部研究生教育优秀工程评估和办学水平提升工程评估，均获“优秀”评价。建校以来，学校为国家培养了9万多名各类高级专门人才，其中包括200多名共和国的将军、部长、省长、院士，2000多名高等院校、科研院所、大中型企业的技术领军和高级管理人才。他们为国防现代化建设和国家经济社会发展做出了重要贡献。

学校历来有重视科研工作的传统，不仅以国内第一艘实验潜艇、第一艘水翼艇、第一台舰载计算机、第一套条带测深仪等数十项填补国内空白的重大科研成果著称，而且还以双工型潜器、气垫船、梯度声速仪等成果摘取过世界第一的桂冠。学校在船海核领域保持着很强的技术储备，水下机器人、船舶减摇、船舶动力、组合导航、水声定位、核动力仿真、大型船舶仿真验证等技术居国内领先或国际先进地位，现已成为我国舰船科学技术基础和应用研究的主力军之一、海军先进技术装备研制的重点单位、我国发展海洋高技术的重要依托力量。当前，学校是我国深海油气开发最核心装备3000米半潜式钻井平台、3000米起重铺管船的设计研发单位之一，是“深海空间站工程”六个系统中三个系统的牵头单位，是“蛟龙号”7000米载人潜水器水下导航定位系统国产化的装备提供方，为我国首条三体搜救艇、万箱集装箱船、自升式钻井平台等新船型开发及深海工程装备研发提供了全面的基础技术支撑。“十一五”以来，承担国家重大科技攻关、国家和国防“973”计划及“863”计划、国防预研和型号等一大批科研项目，获得省部级以上科技奖励260余项。中组部、总装备部等五部委联合授予学校“高技术武器装备发展建设工程突出贡献奖”和“航母建设突出贡献奖”。科研产品质量管理通过ISO9000质量体系认证，是国内高校首家通过“双认证”的大学。牵头成立“深海工程与高技术船舶协同创新中心”，通过工业和信息化部认定。学校设有国家大学科技园，获评“国家级科技企业孵化器”。2013年科技经费到款8.41亿元。