我校主办首届医学院校校（院）长论坛“十一五”以来，获国家教学成果二等奖7项，获省教学成果一等奖18项、二等奖49项；现有国家精品资源共享课程12门；国家精品视频公开课3门、省级2门；国家双语教学示范课程2门；省级精品课程14门；国家级教学团队4个、省级教学团队5个、省研究生导师优秀团队4个；国家特色专业5个、省级重点专业10个；国家实验教学示范中心4个，国家虚拟仿真实验教学中心1个；国家大学生校外实践教育基地3个；获批教育部“本科教学工程”专业综合改革试点项目1项。主编普通教育本科国家规划教材77部、副主编76部、参编282部。

巴德年院士回母校讲学“十一五”以来，获国家自然科学二等奖3项(作为合作单位完成2项)，国家科技进步二等奖4项，部省级科研成果奖312项。获国家自然科学基金创新研究群体项目1项（2016年获得连续资助），国家自然科学基金重点项目及国家自然科学基金资助项目901项。主持国家“973”项目1项、“863”项目6项、国家“十一五”科技支撑计划4项、科技部重点重大国际合作项目5项。获葛兰素史克(GSK)中国研发中心生命科学杰出成就奖、保罗--杨森药学研究奖、霍英东青年教师基金和青年教师奖、工程院光华工程科技奖（青年奖）、英国生物医学中心年度十大领域优秀论文奖，全国留学归国先进个人奖等国家及黑龙江省最高科学技术奖120余人次。学校专家、学者在国际、国家级学术团体中兼任主任委员、副主任委员、副理事长、常务理事、常务委员的专家达395个职位，担任国际、国家级杂志主编、副主编的专家95个职位，其中有88人在多个国际、国家级学术团体中兼任副主任委员、副理事长以上职务。
主办《中国地方病学杂志》、《国际遗传学杂志》、《国际免疫学杂志》《哈尔滨医科大学学报》等6种专业杂志。先后同美国、日本、加拿大、英国、澳大利亚、俄罗斯、德国、韩国等10余个国家的90余所院校和研究机构建立了友好合作关系。
五所临床医学院（附属医院）均为三级甲等医院、全国“百佳医院”。目前实际平均开放床位14951张，年门诊量691.4万人次。