南阳医学高等专科学校的前身是1951年创办的南阳卫校，2004年5月经国家教育部批准，升格为“南阳医学高等专科学校”。2006年南阳市委、市政府对南阳医学教育资源进行整合，并委托南阳医学高等专科学校对南阳理工学院国医国药系(原张仲景国医大学)、南阳中医药学校、南阳市一职专实行“五统一”代管，才形成现在以西医为主体、中西合璧、中医为特色、优势互补的办学格局。

到2013年为止，南阳医学高等专科学校共占地1311.39亩，建筑面积46万平方米，固定资产8.3亿元，校内教学仪器及医疗设备总值2.6亿元。

南阳医学高等专科学校有教职员工2000余人，校本部职工916人，专任教师586人，其中，副教授、副主任医师262人，教授、主任医师65人，硕士以上学位300余人，双师素质教师234人。

南阳医学高等专科学校设有临床医学、公共教学部、体育教学部、护理系、医学技术系、卫生管理系、中医系、政治理论教学部、基础医学部、针灸骨伤系、继续教育学院、中专部等13个教学部系。