影片讲述了传统唢呐艺术在新时代的遭遇。表面上，剧情的主角是年轻艺人游天鸣，他的学艺和成长贯穿了整个故事，而实际上，一代唢呐艺人焦三爷才是电影的真正主角。通过徒弟的视角，老艺人对传统音乐的热忱，以及面对新时代的焦虑一一展现在观众面前。实力派演员陶泽如饰演的焦三爷可谓形神兼备，将一个农村艺人朴实外表下的脉脉温情和铮铮铁骨表达得淋漓尽致。这是一个真正将唢呐“吹到骨头缝里”的艺匠，也正是千千万万这样的民间艺人，延续了中国传统民乐的精神和灵魂。

说到这里，不得不提一下吴天明这代导演的心结。可以说，关于国家和民族精神的思考贯穿了第四代导演和受他们影响的第五代导演的全部创作。在他们崛起的八十年代，中国刚刚走出动乱的阴影，反思的浪潮主导着整个社会。“什么才是中国的?”和“中国该往何处去?”这样的问题远不仅仅是形而上的思辨，更是关系到每个中国人安身立命的根本。吴天明的《老井》、陈凯歌的《黄土地》、张艺谋的《红高粱》……长长的名单里，洋溢着的都是导演们对这个问题的思考。乡土大地、传统艺术、祖先传承等都是他们热衷于表现的意象，主导了中国影坛十余年的创作历程。

因此《百鸟朝凤》所展现的，绝不只是一群艺人的人生故事，更是吴天明导演对整个中国文化的思考。“金木水火土”五个村庄簇拥着的“无双镇”，象征了传统中国的空间格局。唢呐乐班与西洋乐队的交锋，象征了传统中国与西洋文明、市场大潮的冲突和对峙。《百鸟朝凤》背后象征的传统道德的衰落则指涉了几十年来的礼崩乐坏和人心不古。甚至男主角“天鸣”(原著如此)也与导演的名字谐音，夫子自道之意跃然银幕之上。可以说，吴天明导演的收官之作延续了他从《老井》到《变脸》一以贯之的人生思考，依旧在用影像讲述着他心目中的那个“中国”。

然而也正是在这个层面上，影片折射出了这种思考的局限。主角练习吸水时，两个路人的对话泄露出关于“传统艺术”的真相——在所谓的“传统社会”里，乐户本是贱民。在科举、通婚方面饱受社会歧视的这一阶层，与娼妓、乞儿、皂吏等同流。在焦三爷口中从道光年间就风光无限的这个行当，其实很大程度上只是一种想像。一面受着东家“接师礼”的叩拜，一面坐在太师椅上吹奏《百鸟朝凤》的待遇，很可能只在文革结束之后的短短十几年里才有。再往前，“破四旧”的魔爪无所不在，往后，市场化的大众娱乐潮流席卷城乡，唢呐匠都没有好日子过。只有在这段时间里，由于精英文化的破碎，大众娱乐的匮乏，才能孕育出天鸣的父亲那样将唢呐匠当做高贵职业的农民，也才能营造出扶老携幼争听唢呐的草根氛围。