为提高改革的针对性、监管的有效性、考核评价的科学性，《指导意见》提出，根据国有资本的战略定位和发展目标，结合不同国有企业在经济社会发展中的作用、现状和发展需要，将国有企业分为商业类和公益类，并实行分类改革、分类发展、分类监管、分类定责、分类考核，推动国有企业同市场经济深入融合，促进国有企业经济效益和社会效益有机统一。商业类国有企业按照市场化要求实行商业化运作，以增强国有经济活力、放大国有资本功能、实现国有资产保值增值为主要目标。公益类国有企业以保障民生、服务社会、提供公共产品和服务为主要目标。按照谁出资谁分类的原则，履行出资人职责的机构负责制定所出资企业的功能界定和分类方案，划分并动态调整本地国有企业功能类别。

针对国有企业存在的制约不足的问题，《指导意见》提出积极引入各类投资者实现股权多元化，大力推动国有企业改制上市，创造条件实现集团公司整体上市。针对一些国有企业董事会形同虚设、“一把手”说了算等问题，提出完善治理结构的重点是推进董事会建设，建立健全权责对等、运转协调、有效制衡的决策执行监督机制。一方面，切实落实和维护董事会职权，法无授权任何政府部门和机构不得干预;另一方面，加强董事会内部的制衡约束。针对一些国有企业激励约束不足、活力不够的问题，提出实行与社会主义市场经济相适应的企业薪酬分配制度，建立健全与劳动力市场基本适应、与企业经济效益和劳动生产率挂钩的工资决定和正常增长机制，对国有企业领导人员实行与选任方式相匹配、与企业功能性质相适应、与经营业绩相挂钩的差异化薪酬分配办法，同时继续深化企业内部用人制度改革，合理增加市场化选聘职业经理人比例，真正形成企业各类管理人员和员工的合理流动机制。

针对国有资产监管工作存在越位、缺位、错位等问题，按照以管企业为主向以管资本为主转变的要求，《指导意见》提出：一是以管资本为主推进国有资产监管机构职能转变，准确把握依法履行出资人职责的定位，重点管好国有资本布局、规范资本运作、提高资本回报、维护资本安全，建立监管权力清单和责任清单。二是以管资本为主改革国有资本授权经营体制，改组组建国有资本投资、运营公司。三是以管资本为主推动国有资本合理流动优化配置，清理退出一批、重组整合一批、创新发展一批国有企业。四是以管资本为主推进经营性国有资产集中统一监管，建立覆盖全部国有企业、分级管理的国有资本经营预算制度。