西藏藏医学院成立于1989年9月，是全国乃至世界惟一一所经国家教育部批准公办独立设置的藏医药高等学府。

学院始终全面贯彻党的教育方针，坚持以藏医药教育为主，以教学为中心，以科研促进教学，以医疗保障教学，以产业服务教学，产学研协调发展。坚持“秉承传统，开拓创新”的办学理念，倡导践行“厚德、勤学、笃行、利众”的校训，形成了以藏医药本科教育为主，研究生教育、成人教育、非学历教育等多层次协调发展的办学体系。1999年被批准为民族医学(藏医)硕士学位授予点，2004年开始与北京中医药大学联合招收培养世界上首批民族医学（藏医专业）博士研究生。目前开设有1个民族医学（藏医专业）硕士研究生班，3个藏医本科、藏药本科、藏药营销本科专业，3个藏医专科、天文星算、高护专科专业，共有各类在校生2235人。
学院现有教职员工190人，其中专任教师90人。具有高级职称的31人，博士生导师3人，博士生指导小组成员10人，硕士生导师26人，享受国务院特殊津贴专家2人，全国藏医药医师资格考试命题首席专家1人，国家和自治区药品评审专家5人，国家非物质文化保护遗产传承人5人。

学院坚持以人才培养为根本任务，以教学为工作中心，不断提高教育教学水平和人才培养质量。先后编写了全国第一套共24本“21世纪藏医专业本科规划教材”的11本，全国第一部《藏医专业本科教学大纲》，全国第一套共10本的“21世纪藏药专业本科规划教材”等。目前，《藏医学》、《藏药学》专业为国家特色专业建设点，拥有自治区级精品课程7门，校级精品课程16门。学院于2007年被国家教育部确认为“构建传统与现代相结合的藏医药现代高等教育体系与人才培养模式实验区”；于2011年被国家教育部批准为国家教育体制改革试点项目——“藏医药人才培养模式改革试点”单位。
学院注重发挥专业优势，致力于藏医药科学研究，科技开发。创办了面向国内发行的学术性期刊《藏医药教育与研究》，编著出版了300万字的藏医药学巨著《四部医典大详解》。承担了国家科技部863计划藏医药研究技术平台项目、科技部973计划项目4项、国家自然科学基金项目5项、国家科技支撑计划项目4项。现有省部级以上科研平台4个，中央与地方共建高校特色优势学科实验室建设项目4个，国家级重点实验室2个；拥有1所直属附属医院、1个藏药厂、2个采药认药基地、5所教学医院、1所非直属附属医院、1个非直属教学药厂，1个传统与现代相结合的实验标本中心。