新疆医科大学是一所集医疗、卫生、药学教学和科研为一体的综合性医科大学，目前内设17所学院（中医学院、基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、第四临床医学院、第五临床医学院、成人教育学院、厚博学院、公共卫生学院、药学院、成教学院、护理学院、医学工程技术学院、国际医学教育学院、研究生院、语言学院），2个部（人文社会科学部、体育教学部），4个系（中医系、口腔系、针灸骨伤系、中药系），5所附属医疗机构。大学本部现有1个七年制临床医学专业，17个本科专业和专业方向，28个专科专业和专业方向；拥有临床医学、药学、环境卫生等一级学科博士后流动站3个，博士学位点3个，二级学科硕士学位点35个,一级学科专业硕士学位点2个；设有8个自治区级研究所（中心），5个自治区级重点学科，2个自治区级重点实验室，在全疆各地建有各类临床教学实习基地40余所。同时是全国48所高校“在职人员申请研究生学位授权单位”、全国45所高校“临床医学专业试点学位单位”和全国公共卫生管理专业硕士（MPH）授予单位之一，拥有硕士生导师、博士生导师审批权、教师系列副教授、卫生系列主任医师专业技术职务评审权。大学本部占地面积2696亩，建筑面积70万平方米。

大学本部现有教职工6225人，专业技术人员4617人，具有高级专业技术职务人员947人。现有博士生导师35名，硕士生导师335名。全校有43名专家享受国家政府特殊津贴，13位同志获自治区有突出贡献的优秀专家称号。大学本部目前同美、英、法、日、俄、巴基斯坦、哈萨克斯坦等17个国家以及国内20多所高等院校或科研机构建立了合作关系。图书馆拥有馆舍5452平方米，藏书40余万册。

新疆医科大学厚博学院为2003年5月6日获准成立，并根据2004年2月5日教育部教发函［2004］13号文件正式批准，由新疆医科大学举办的一所按新机制、新模式运作，充分依托、发挥新疆医科大学综合办学优势，中西医并重，具有浓郁地域特色的本、专科层次的综合性高等医学院校。厚博学院现有教学管理科、学生管理科、财务管理办公室、综合办公室等4个职能科室，8名工作人员。