学校现有国家特色专业建设点2个（汉语言文学、会计学）；国家级教学团队1个（毛泽东思想与中国特色社会主义理论体系概要）；国家级专业综合改革试点项目1个（行政管理专业）；国家民委重点学科1个（中国近现代史），国家民委重点建设学科1个（中国现当代文学）；自治区重点学科10个（民族学、中国少数民族经济、专门史、中国哲学、生物化学与分子生物学、马克思主义中国化、中国古代文学、中国少数民族史、高等教育学、财政学）；自治区级特色专业4个（汉语言文学、会计学、法学、新闻学）；自治区级专业综合改革试点项目3个（行政管理、学前教育、民族学）；自治区级教学团队3个（毛泽东思想与中国特色社会主义理论体系概要、中国古代文学、法学）。

学校现有国家级教学示范中心1个（医学基础实验教学示范中心）；自治区级重点实验室2个（西藏高原相关疾病分子遗传机制与干预研究重点实验室、西藏光信息处理与可视化技术重点实验室）；自治区高校重点实验室7个（生命科学基础实验室、高原环境与疾病相关基因研究实验室、现代网络与通信工程重点实验室、西藏教育发展研究实验室、工商管理综合实验室、会计综合实验室、运动生理机能综合实验室）；自治区级实验教学中心3个（电子设计实践实验教学中心、医学基础实验教学中心、新闻传播综合实验教学中心），自治区级实验实训基地1个（西藏法学教学研究实训基地），自治区级教学实验室10个（外语教学实验中心、物理基础实验室、计算机技能训练实验室、师范类学生教学技能训练实验室、心理实验教学中心、文物与考古技术实验室、医学检验实验室、非线性编辑实验室、投资与理财实验室、广告设计实验室）。

学校积极推进科研兴校战略，直面西藏经济社会发展的需要，以创新能力打造和提升学校核心竞争力。学校作为牵头单位，联合中国人民大学、中山大学、中国藏学研究中心、西藏社会科学院等单位组建“西藏文化传承发展协同创新中心”，该中心成为西藏自治区“2011协同创新中心”培育建设单位；现有国家民委人文社会科学重点研究基地2个（西藏社会经济与文化发展研究基地、西藏社会和谐稳定与法治建设重点研究基地），自治区重点研究基地1个（西藏经济与社会发展研究基地）。2010-，获省部级以上科研立项261项，其中国家社科基金立项52项，全国教育科学规划教育部重点项目1项，国家自然科学基金11项。近五年，学校年均科研经费1710.1万元。有26项科研成果获得省部级以上奖励。许多研究领域在国内处于领先地位，藏学、民族学研究在国内外学术界获得了良好的声誉。现出版《西藏民族学院学报》和《西藏高等教育研究》两种学术刊物。